Java 如何解决将homer标记目录转换为.hic文件时查找临时文件的问题?

Java 如何解决将homer标记目录转换为.hic文件时查找临时文件的问题?,java,jar,bioinformatics,Java,Jar,Bioinformatics,我正在尝试将我的荷马标签目录转换为*.hic文件,以便使用榨汁机将它们可视化。我使用TagDir2Hic.pl将标记目录转换为这些*.hic文件,并使用以下命令选项: 其中“-juicer auto”表示要在此文件夹中创建.hic文件,“-juicerExe”表示可执行的juicer_工具文件。当删除-juicer\u auto选项并列出-juicerExe时,我会在终端上收到文件的输出,但当我包含-juicer auto选项时,我会收到一个错误,即找不到临时文件或没有读取。结果如下:

我正在尝试将我的荷马标签目录转换为*.hic文件,以便使用榨汁机将它们可视化。我使用TagDir2Hic.pl将标记目录转换为这些*.hic文件,并使用以下命令选项:



其中“-juicer auto”表示要在此文件夹中创建.hic文件,“-juicerExe”表示可执行的juicer_工具文件。当删除-juicer\u auto选项并列出-juicerExe时,我会在终端上收到文件的输出,但当我包含-juicer auto选项时,我会收到一个错误,即找不到临时文件或没有读取。结果如下:



如果有人遇到这个问题或知道如何解决这个问题,请帮助!非常感谢

1_merged_R6 -juicer auto -juicerExe 'java -jar juicer_tools_1.14.08.jar' -genome mm10
    Will use "1_merged_R6/1_merged_R6.hic" for hic output file
    Will output a juicer hic file to 1_merged_R6/1_merged_R6.hic
    Will use "java -jar juicer_tools_1.14.08.jar" to execute juicer.
        Sorting file by chormosome interaction block to work with juicer...
        i.e. sort --parallel=1 -k2,2d -k6,6d 0.50584760688162.tmp > 0.50584760688162.2.tmp
sort: unrecognized option `--parallel=1'
Usage: sort [-bcCdfigMmnrsuz] [-kPOS1[,POS2] ... ] [+POS1 [-POS2]] [-S memsize] [-T tmpdir] [-t separator] [-o outfile] [--batch-size size] [--files0-from file] [--heapsort] [--mergesort] [--radixsort] [--qsort] [--mmap] [--human-numeric-sort] [--version-sort] [--random-sort [--random-source file]] [--compress-program program] [file ...]
    Done sorting, now creating *.hic file with java -jar juicer_tools_1.14.08.jar:
0.50584760688162.2.tmp does not exist or does not contain any reads.
    Finished.