Java中通过给定的最大汉明距离（不匹配数）获得所有字符串组合

是否有一种算法可以根据给定数量的最大允许位置（最大不匹配、最大汉明距离）生成一个字符串（DNA序列）的所有可能的字符串组合

字母表是{A，C，T，G}

字符串

AGCC

和最大不匹配数

2

的示例：

Hamming distance is 0
  {AGCC}
Hamming distance is 1
  {CGCC, TGCC, GGCC, AACC, ACCC, ATCC, AGAC, AGTC, ..., AGCG}
Hamming distance is 2
  {?}

一种可能的方法是生成一个具有给定字符串的所有排列的集合，对它们进行迭代，并移除所有具有更大汉明距离的字符串

这种方法非常简单，给定的字符串为20个字符，最大汉明距离为5

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还有其他更有效的方法/实现吗？

只需使用普通的置换生成算法，只需绕过距离，当您具有不同的字符时，将其递减即可

static void permute(char[] arr, int pos, int distance, char[] candidates)
{
   if (pos == arr.length)
   {
      System.out.println(new String(arr));
      return;
   }
   // distance > 0 means we can change the current character,
   //   so go through the candidates
   if (distance > 0)
   {
      char temp = arr[pos];
      for (int i = 0; i < candidates.length; i++)
      {
         arr[pos] = candidates[i];
         int distanceOffset = 0;
         // different character, thus decrement distance
         if (temp != arr[pos])
            distanceOffset = -1;
         permute(arr, pos+1, distance + distanceOffset, candidates);
      }
      arr[pos] = temp;
   }
   // otherwise just stick to the same character
   else
      permute(arr, pos+1, distance, candidates);
}

性能说明：

对于一个长度为20、距离为5和5个字符的字母表，已经有超过1700万个候选项（假设我的代码是正确的）

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上面的代码在我的机器上运行不到一秒钟（不打印），但不要期望任何生成器能够在合理的时间内生成更多的代码，因为有太多的可能性。

递归调用函数，为返回的所有值生成距离1的组合，并将其放入集合以避免重复谢谢，我也将尝试这种解决方案。谢谢，这似乎效果很好，除非println（）非常慢：）

permute("AGCC".toCharArray(), 0, 1, "ACTG".toCharArray());