Java代码无法在dna字符串中找到基因

下面的代码来自JavaMooc，它应该可以找到给定文件中的所有基因。问题是我的getAllGenes方法没有返回给定dna字符串的任何基因。我只是不知道代码出了什么问题。 我测试的文件（brca1line.fa）位于此处

多谢各位

这是我的java代码

    public class AllGenesStored {
        public int findStopCodon(String dnaStr,
                                 int startIndex, 
                                 String stopCodon){                                 
                int currIndex = dnaStr.indexOf(stopCodon,startIndex+3);
                while (currIndex != -1 ) {
                   int diff = currIndex - startIndex;
                   if (diff % 3  == 0) {
                       return currIndex;
                   }
                   else {
                       currIndex = dnaStr.indexOf(stopCodon, currIndex + 1);
                   }
                }
                return -1;

        }
        public String findGene(String dna, int where) {
            int startIndex = dna.indexOf("ATG", where);
            if (startIndex == -1) {
                return "";
            }
            int taaIndex = findStopCodon(dna,startIndex,"TAA");
            int tagIndex = findStopCodon(dna,startIndex,"TAG");
            int tgaIndex = findStopCodon(dna,startIndex,"TGA");
            int minIndex = 0;
            if (taaIndex == -1 ||
                (tgaIndex != -1 && tgaIndex < taaIndex)) {
                minIndex = tgaIndex;
            }
            else {
                minIndex = taaIndex;
            }
            if (minIndex == -1 ||
                (tagIndex != -1 && tagIndex < minIndex)) {
                minIndex = tagIndex;
            }
            if (minIndex == -1){
                return "";
            }
            return dna.substring(startIndex,minIndex + 3);
        }
        public StorageResource getAllGenes(String dna) {
          //create an empty StorageResource, call it geneList
          StorageResource geneList = new StorageResource();
          //Set startIndex to 0
          int startIndex = 0;
          //Repeat the following steps
          while ( true ) {
              //Find the next gene after startIndex
              String currentGene = findGene(dna, startIndex);
              //If no gene was found, leave this loop 
              if (currentGene.isEmpty()) {
                  break;
              }
              //Add that gene to geneList
              geneList.add(currentGene);
              //Set startIndex to just past the end of the gene
              startIndex = dna.indexOf(currentGene, startIndex) +
                           currentGene.length();
            }
          //Your answer is geneList
          return geneList;
        }
        public void testOn(String dna) {
            System.out.println("Testing getAllGenes on " + dna);
            StorageResource genes = getAllGenes(dna);
            for (String g: genes.data()) {
                System.out.println(g);
            }
        }
        public void test() {
            FileResource fr = new FileResource();
            String dna = fr.asString();
            //      ATGv  TAAv  ATG   v  v  TGA   
            //testOn("ATGATCTAATTTATGCTGCAACGGTGAAGA");
            testOn(dna);
            //      ATGv  v  v  v  TAAv  v  v  ATGTAA
            //testOn("ATGATCATAAGAAGATAATAGAGGGCCATGTAA");
        }
    }

公共类AllGenesStored{
public int findStopCodon（字符串dnaStr，
int startIndex，
字符串停止密码子）{
int currendex=dnaStr.indexOf（stopCodon，startIndex+3）；
while（currendex！=-1）{
int diff=currendex-startIndex；
如果（差异%3==0）{
收益率指数；
}
否则{
currendex=dnaStr.indexOf（终止密码子，currendex+1）；
}
}
返回-1；
}
公共字符串findGene（字符串dna，int-where）{
int startIndex=dna.indexOf（“ATG”，其中）；
如果（startIndex==-1）{
返回“”；
}
int-taaIndex=findStopCodon（dna，startIndex，“TAA”）；
int tagIndex=findStopCodon（dna，startIndex，“TAG”）；
int TGADINDEX=找到的密码子（dna，startIndex，“TGA”）；
int minIndex=0；
如果（taaIndex==-1||
（TGADINDEX！=-1&&TGADINDEX

文件中的数据类似于“ACAAGTGTTACAAAAAAAGCAGAGGCCGTCAGCCACACATGCCTATGGATCCAAGAGGAGCCACATTTTT”。您正在搜索仅包含小写字符的字符串中的大写字符<代码>字符串。因此，indexOf将永远找不到TAA、TAG或TGA。将字符串更改为小写

int startIndex = dna.indexOf("atg", where);
...    
int taaIndex = findStopCodon(dna,startIndex,"taa");
int tagIndex = findStopCodon(dna,startIndex,"tag");
int tgaIndex = findStopCodon(dna,startIndex,"tga");

---

回应下面的评论：如果您希望能够处理混合大小写，就像您在文本中所做的那样，您需要先

lowercase（）

字符串。

您可以更具体一些，比如“对于输入[xyz]，我希望输出[abc]而获得[def]”。你试过调试吗？你有单元测试吗？也许，你也可以使用

String#equalsIgnoreCase

而不是仅仅使用

equals

，这样即使数据格式不规则，比如

aCAagtTt…

，也能确保成功。你不能使用

equalsIgnoreCase

来查找（相当长的）字符串中的子字符串的位置。