Linux 直接从SLURM/SGE调用系统命令

我想直接从sbatch（slurm/sge）命令调用系统命令（kat-hist），而不使用.sh脚本。不确定这样的事情是否可能

---

这就是我目前正在做的：

"sbatch -p %s -n %s -t %s ./kat_reads_call.sh %s %s %s %s/filter_10xReads.py %s %s" % arg_list

其中

.kat_reads.sh

只执行以下操作：

#!/bin/bash
kat hist -o $1 -m $2 -t $3 <($4 -1 $5 -2 $6)

检查

sbatch

的

--wrap

参数。您将需要以下内容：

"sbatch -p %s -n %s -t %s --wrap \"kat hist -o %s -m %s -t %s <(%s -1 %s -2 %s)\"" % arg_list

---

“sbatch-p%s-n%s-t%s-wrap\”kat hist-o%s-m%s-t%s您的目标不起作用了吗？为什么？我用错误更新了问题。这看起来正是我要找的！你能详细解释一下你的意思吗？根据它是什么语言，你能解释一下“正确的转义序列”是什么意思吗？实际上，我需要为一些工具（如“kat”、“supernova”和“samtools”）执行此操作。这实际上是为我完成此操作的最终格式：
“sbatch-p%s-n%s-t%s--wrap='kat-hist-o%s-m%s-t%s抱歉，我正在度假。按“正确的转义顺序”“我的意思是，你必须在引号中嵌入引号。每种语言都为您提供了实现这一点的不同方法，因此您必须检查语言的语法规则以了解如何做到这一点。本质上，您必须将命令作为
--wrap
选项的单个参数提供给
sbatch
。
sbatch: error: This does not look like a batch script.  The first
sbatch: error: line must start with #! followed by the path to an interpreter.
sbatch: error: For instance: #!/bin/sh

"sbatch -p %s -n %s -t %s --wrap \"kat hist -o %s -m %s -t %s <(%s -1 %s -2 %s)\"" % arg_list