Loops 运行TreSpEx分析

我正在尝试对一系列树运行TreSpex分析，这些树以newick格式保存为文件夹中的

.fasta.txt

文件。 我有一个保存在

.txt

文件中的分类群名称列表

我输入：

perl TreSpEx.v1.pl -fun e -ipt *fasta.txt -tf Taxa_List.txt

但它不会运行。我试着为文件夹中的每个文件编写一个循环，但对它们和我的代码行不是很好

for i in treefile/; do perl TreSpEx.v1.1.pl -fun e -ipt *.fasta.txt -tf Taxa_List.txt; done

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不起作用，因为

-ipt

显然需要以字母或数字开头的名称

在第二个示例中，您实际上在做与第一个示例相同的事情（但可能会多次）

我不熟悉TreSpEx，也不太了解Bash（您似乎正在使用它），但您可以尝试下面的方法

for i in treefile/*.fasta.txt ; do
    perl TreSpEx.v1.1.pl -fun e -ipt $i -tf Taxa_List.txt;
done

基本上，您需要使用for循环（

i

）中的变量将每个文件的名称传递给命令