指定通过将NLP应用于医疗叙述而生成的FHIR资源的来源

是医疗数据交换的标准，由HL7®发布

提供有关文档的元数据，以便可以 发现和管理

通过一个罐子

描述生产和交付所涉及的实体和过程 或者以其他方式影响该资源

因此，应用计算机技术从病历中自动生成结构化数据是很自然的。为此，市场上和完全开放源代码上都有几种实现。例如，cTAKES、CLAMP、NOBLE、CLARTYNLP和其他都是针对此任务的免费解决方案

它们都解决了从非结构化医疗记录生成结构化数据的特定需求，但是它们都使用自己的格式提供结构，最终可以转换为FHIR

然而，一个核心问题是如何表示提取的信息的来源，因为据我所知，FHIR缺少连接到DocumentReference对象中的精确位置的方法，即信息从何处提取，使用何种技术，以及“质量”级别对提取的信息进行分类

在向FHIR规范提交变更请求之前，建议向最广泛的社区公开该问题，stackoverflow.com是主要推荐渠道之一

为此，我在此期待就此事发表意见，即如何指定通过将NLP应用于医学叙述而产生的FHIR资源的来源。例如，以Gurulingappa等人的不良事件语料库为例

问题是如何在FHIR中表示此类药物引起的问题已从文本（本例中为1999年论文标题）的特定字节位置22-34（药物）和43-54（问题）中提取出来

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目前，FHIR标准不允许表示精确的字节位置、提取的质量以及用于执行提取的方法。

精彩的讨论。到目前为止，FHIR的出处主要集中在最可能的出处需求上。FHIR的一个重要原则是，我们先关注最需要的功能，然后再关注不太可能实现或使用的东西。这并不是说那些尚未得到支持的东西不太可能被实现或使用，而是简单地指出解决问题的优先顺序

因此，看一下您的用例，我首先要问的是，一些FHIR资源（例如观察）的消费者会比从特定文档中提取观察结果的粗略声明更关心来源是否现实。也就是说，记录出处的细节是否比现在更深入是很重要的？这并不是说它在学术上是有趣的，它肯定是合乎逻辑的。但是它有多有用，特别是因为记录这种细节的成本非常高

让我们假设有一些合理的，尽管很小的需求。FHIR规范允许任何人在任何地方定义扩展。因此，您可以定义支持您的用例的出处资源的扩展。可能是对progence.entity的一些扩展。如果有一些合理的队列需要此扩展，可以使用StructureDefinition在可公开访问的实施指南中定义，并在fhir.org上注册。如果这看起来更有用，那么可以将这些扩展添加到源代码资源中的FHIR规范中

然而，我不相信这是一个广泛需要的功能，超越了那些基于扩展的机制。尤其是因为这种需求只需要基于DocumentReference的二进制文件，而这些二进制文件不是结构化的

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好消息是，出处只是在FMM3，我们确实希望在下一个R5版本中尝试使其规范化。现在是进行这些精彩讨论的时候了。

大家好，欢迎来到StackOverflow。请花些时间阅读帮助页面，特别是命名和的部分。我鼓励你将你所问问题的技术方面压缩成一个简单的例子。一般来说，本网站不是为开放式研究问题而设计的，而是为非常具体的编程问题而设计的。亲爱的约翰，谢谢你快速而详细的回复。是的，该用例是现实的，并且已经得到医院信息系统/电子健康记录软件的支持（使用专有的非FHIR兼容解决方案）（不想命名解决方案以避免广告）。医生们自己的需要是，他们希望能够以快速的方式“深入”到真正的证据。阅读完整的报告并不能节省他们的时间。我同意使用扩展，但是我们需要让它们被广泛接受，而不是以任何方式“专有”。顺便说一句，堆栈溢出并不是真正用于讨论的，因此，既然问题已经得到了回答，那么最好就扩展的需要和潜在的适当设计进行讨论，您认为需要什么样的扩展？指向DocumentReference所指向的二进制文件中起始字节的扩展是否足够？还是需要有起始字节和结束字节？当某些非标准表单的偏移量与人的右偏移量不同时（由于文件格式头或编码（xml）），字节计数是正确的方法吗？“使用的方法”是否可以简单地在progence.policy中识别？这就是IHE用于文档提取的内容。什么样的质量声明？

10030778|Intravenous azithromycin-induced ototoxicity.|ototoxicity|43|54|azithromycin|22|34
123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
         1         2         3         4         5

{
  "resourceType": "AdverseEvent",
  "id": "example",
  "actuality": "actual",
  "category": [
    {
      "coding": [
        {
          "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/adverse-event-category",
          "code": "product-use-error",
          "display": "Product Use Error"
        }
      ]
    }
  ],
  "event": {
    "coding": [
      {
        "system": "http://snomed.info/sct",
        "code": "9062008",
        "display": "Ototoxicity (disorder)"
      }
    ],
    "text": "10030778|Intravenous azithromycin-induced ototoxicity."
  },
  "subject": {
    "reference": "Patient/example"
  },
  "date": "1999-02-29T00:00:00+00:00",
  "seriousness": {
    "coding": [
      {
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/adverse-event-seriousness",
        "code": "Non-serious",
        "display": "Non-serious"
      }
    ]
  },
  "severity": {
    "coding": [
      {
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/adverse-event-severity",
        "code": "mild",
        "display": "Mild"
      }
    ]
  },
  "recorder": {
    "reference": "Pharmacotherapy. 1999 Feb;19(2):245-8."
  },
  "suspectEntity": [
    {
      "instance": {
        "reference": "Azithromycin"
      }
    }
  ]
}