Parallel processing 优化SLURM集群中的并行化：以基因组比对为例

我想了解在SLURM集群中并行使用bwa的最佳方式是什么。显然，这将取决于我作为用户的计算限制

bwa软件有一个参数“-t”，指定线程数。让我们假设我使用

bwamem-t3 ref.fa samreak.fq.gz

，这将意味着bwa将作业拆分为三个任务/线程。换句话说，它将同时对齐三次读取（我猜）

现在，如果我想在多个示例和SLURM集群中运行此命令，我是否应该指定bwa mem的任务数，并指定每个任务的CPU数（例如2）？这将是：

sbatch -c 2 -n 3 bwa.sh

其中bwa.sh包含：

cat data.info | while read indv; do
bwa mem -t 3 ref.fa sample${indv}.fq.gz
done

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你有什么建议吗？或者你能改进/纠正我的推理吗？

使用

-c2

你要求每个任务有2个CPU

使用

-n3

您要求完成3项任务

该配置准备了一组资源，其中包括最多3个不同节点中的6个CPU。但是您的脚本只使用了3个CPU（

-t3

），因此您正在浪费资源，并且可能使用了不属于您的资源（因为任务将使用3个CPU，而您只要求每个任务使用2个CPU）

对于该特定脚本，

-c3

是正确的参数（另一个默认为一个任务）：

sbatch -c 3 bwa.sh