Python 3.x 从三维体积数据中提取40 mm立方体

我已经从dicom格式创建了一个3d numpy数据数组（形状：133 x 512 x 512）。给定结节位置的中心点，如何提取尺寸为40mm x 40mm x 40mm的三维体积。我不确定像素到毫米的转换是如何发生的？我把数据附在这里了。结节的位置是（31736389），也就是（x，y，z），其中z表示切片的数量。所以在这个例子中，结节在切片89上。

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这是你的电话号码。它是nrrd格式的。在dicom标头信息中，切片厚度为2.5，像素间距为['0.703125'，'0.703125'.

看起来NumPy阵列坐标反转为（z，y，x）aka（平面，行，列），有关详细信息，请参阅。此外，我们假设体素间距等于[2.5,0.703125,0.703125]，尽管我无法在Pyrd中找到此信息。但是，想象一下，我发现这些测量结果是正确的。其单位为毫米/像素

现在，你想把40毫米，或者说是20毫米的一半，转换成像素。通过除以mm/像素，可以得到以下框大小：

>20/np.数组（[2.5,0.703125,0.703125]）
数组（[8,28.4444,28.4444]）

这意味着盒子的顶部应位于：

np.数组（[89363317]）-[8,28,28] 数组（[81335289]） 底部为：

np.数组（[89363317]）+[8,29,29] 数组（[97392346]） （为了得到中心像素，我在另一侧将其设置为29，这也是因为28.4*2近似于57，而不是56。）

因此，要想拿到你的盒子，你需要：

>>box40mm=data[81:97335:392289:346]

有关NumPy索引的更多详细信息，请参阅文档

要将其全部放在一个函数中，该函数假定所有输入都是NumPy数组：

def获取框（数据、中心像素、框大小、像素间距）：
框大小像素=框大小/像素间距
box\u size\u left=np.round（box\u size\u pixels/2）。astype（int）
box\u size\u right=np.round（box\u size\u像素-box\u size\u left）。astype（int）
开始=中心像素-框大小\u左侧
端点=中心像素+方框大小\u右侧
切片=元组(
切片（开始、结束）
对于开始，以zip结束（开始，结束）
)
返回数据[切片]

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请注意，此代码不考虑碰撞体积的边界。

看起来NumPy数组坐标被反转为（z，y，x）aka（平面，行，列），有关详细信息，请参阅。此外，我们假设体素间距等于[2.5,0.703125,0.703125]，尽管我无法在Pyrd中找到此信息。但是，想象一下，我发现这些测量结果是正确的。其单位为毫米/像素

现在，你想把40毫米，或者说是20毫米的一半，转换成像素。通过除以mm/像素，可以得到以下框大小：

>20/np.数组（[2.5,0.703125,0.703125]）
数组（[8,28.4444,28.4444]）

这意味着盒子的顶部应位于：

np.数组（[89363317]）-[8,28,28] 数组（[81335289]） 底部为：

np.数组（[89363317]）+[8,29,29] 数组（[97392346]） （为了得到中心像素，我在另一侧将其设置为29，这也是因为28.4*2近似于57，而不是56。）

因此，要想拿到你的盒子，你需要：

>>box40mm=data[81:97335:392289:346]

有关NumPy索引的更多详细信息，请参阅文档

要将其全部放在一个函数中，该函数假定所有输入都是NumPy数组：

def获取框（数据、中心像素、框大小、像素间距）：
框大小像素=框大小/像素间距
box\u size\u left=np.round（box\u size\u pixels/2）。astype（int）
box\u size\u right=np.round（box\u size\u像素-box\u size\u left）。astype（int）
开始=中心像素-框大小\u左侧
端点=中心像素+方框大小\u右侧
切片=元组(
切片（开始、结束）
对于开始，以zip结束（开始，结束）
)
返回数据[切片]

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请注意，这段代码没有考虑到到达卷的边界。

谢谢@Juan，关于图像尺寸（切片、行、列），您是对的，我在问题中输入错误。你能解释一下为什么用体素间距除以20吗？在这种情况下，1mm=1px吗？不，1mm不等于1px。像素间距准确地告诉您1px是什么：沿切片轴2.5mm，沿xy轴0.7mm。间距以毫米/像素为单位。为了记住是否应该使用维度分析进行除法或乘法，请参见，或者感谢@Juan，关于图像维度（切片、行、列），您是对的，我在问题中输入错误。你能解释一下为什么用体素间距除以20吗？在这种情况下，1mm=1px吗？不，1mm不等于1px。像素间距准确地告诉您1px是什么：沿切片轴2.5mm，沿xy轴0.7mm。间距以毫米/像素为单位。要记住是否应使用量纲分析进行除法或乘法，请参见，例如，或