Python 利用Conda环境解决SGE机群问题

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我一直在尝试设置SnakeMake管道，以便在SGE集群（qsub）上运行。使用直接安装到计算节点的简单命令或工具，没有问题。 然而，当我试图设置SnakeMake以通过SGE节点上的Conda下载工具时，出现了一个问题

我的测试文件是：

rule bwa_sge_c_test:
    conda:
        "bwa.yaml"
    shell:
        "bwa > snaketest.txt"

“bwa.yaml”文件是：

我用命令运行SnakeMake：

snakemake -d "/home/<username>" --use-conda --cluster "qsub -cwd -q testing-nod08" --jobs 1

我曾尝试将“snakemake=5.2.2”附加到“bwa.yaml”（正如一位同事所建议的），但错误仍然存在

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我的问题是：是什么导致了此错误，以及如何修复此错误，以便我可以从SGE集群中的SnakeMake运行Conda Environments？

您可能需要将环境变量发送到qsub

snakemake -d "/home/<username>" --use-conda --cluster "qsub -V -cwd -q testing-nod08" --jobs 1

当然，您可以使用其他选项，如

-q

，然后使用snakemake，如下所示：

snakemake --cluster "qsub" --jobscript sge.sh ....

（在调用snakemake之前，不要忘记创建日志文件夹）

snakemake -d "/home/<username>" --use-conda --cluster "qsub -V -cwd -q testing-nod08" --jobs 1

#$ -cwd
#$ -V
#$ -e ./logs/
#$ -o ./logs/

{exec_job}

snakemake --cluster "qsub" --jobscript sge.sh ....