Python 在Matplotlib中保存双循环枚举中的图形

我试图构建一个脚本，在整个范围内循环并保存一个主分量与另一个主分量的所有图形，没有重复，也没有相同与相同，--例如，如果我生成对称矩阵3乘3，我将有3个有意义的图形：图1\u 2、图1\u 3和图2\u 3。我带着那辆马车来的

#!/usr/env python
import mdp
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
#
set1 = 'set1_smthing.txt'
set2 = 'set2_smthing.txt'
set3 = 'set3_smthing.txt'
bname = set1.split(".")[0].split("_")[0]
set1d = np.loadtxt(set1, delimiter=',')
set2d = np.loadtxt(set2, delimiter=',')
set3d = np.loadtxt(fchembl, delimiter=',')
set_comb = np.vstack([set1d,set2d,set3d])
# performing PCA with MDP
set_comb_pca = mdp.pca(set_comb,svd=True)
pcan = mdp.nodes.PCANode(output_dim=3)
pcar = pcan.execute(set_comb)
# graph the results - lower triangle
for i in range(1,6):
    for j in range(1,6):
            if i != j and i < j:
                fig = plt.figure()                                              
                ax = fig.add_subplot(111)
                ax.plot(pcar[(len(set1d)+1):(len(set1d)+len(set2d)), i], pcar[(len(set1d)+1):(len(set1d)+len(set2d)), j], marker='.', color='grey',linestyle="None")
                ax.plot(pcar[(len(set1d)+len(set2d)):, i], pcar[(len(set1d)+len(set2d)):, j], marker='.', color='blue',linestyle="None")
                ax.plot(pcar[1:len(set1d),i], pcar[1:len(set1d), j], marker='.', color='red',linestyle="None")
                # labels and title
                ax.set_xlabel('PC' + str(i) + '(%.3f%%)' % (pcan.d[i]))
                ax.set_ylabel('PC' + str(j) + '(%.3f%%)' % (pcan.d[j]))             
                plt.title(gname)                
                gname = bname + "_pc" + str(i) + "_vs_" + "pc" + str(j)             
                plt.title(bname)
                # saving image
                fig.savefig(gname + ".png")
                plt.close(fig)

#/usr/env python
导入mdp
将numpy作为np导入
将matplotlib.pyplot作为plt导入
#
set1='set1\u smthing.txt'
set2='set2\u smthing.txt'
set3='set3\u smthing.txt'
bname=set1.split（“.”[0]。split（“”）[0]
set1d=np.loadtxt（set1，分隔符='，'）
set2d=np.loadtxt（set2，分隔符='，'）
set3d=np.loadtxt（fchembl，分隔符='，'）
set_comb=np.vstack（[set1d，set2d，set3d]）
#使用MDP执行PCA
set\u comb\u pca=mdp.pca（set\u comb，svd=True）
pcan=mdp.nodes.PCANode（输出尺寸=3）
pcar=pcan.execute（设置梳）
#用图表显示结果-下三角
对于范围（1,6）内的i：
对于范围（1,6）内的j：
如果我j和i

脚本只生成1个图PC1和PC2，然后退出。我的bug似乎在枚举中。你能建议我改正一下吗？我用：print gname测试了它，一切正常。buggy脚本的输出如下

<matplotlib.text.Text object at 0x11817e10>
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0x11814610>]
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0xd2d7710>]
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0xd2d7bd0>]
<matplotlib.text.Text object at 0x11812690>
<matplotlib.text.Text object at 0x11814d10>
<matplotlib.text.Text object at 0x11817e10>
<matplotlib.text.Text object at 0xd2ff090>
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 9, in <module>
IndexError: invalid index

[]
[]
[]
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“”，第9行，在
索引器：索引无效

我可以告诉你，你是前Matlab程序员。你会爱上基于0的索引

您有一个索引器，但调试起来很困难，因为您索引了太多不同的东西，通常在每一行上多次。将代码放入脚本并运行它（

runmain.py

在ipython中或从终端运行

python main.py

），至少您会知道错误发生在哪里。我怀疑您出现了一个逐个错误，因为您似乎正在使用基于1的索引

那么：

# Extract PCA components for each set
pca1 = pcar[:len(set1d)]
pca2 = pcar[len(set1d):len(set1d)+len(set2d)]
pca3 = pcar[-len(set3d):]

# Iterate over each pair of components
for i in range(3):
    for j in range(i+1, 3):
        f = plt.figure()
        ax = f.add_subplot(111)

        ax.plot(pca1[:, i], pca1[:, j], 'b.')
        ax.plot(pca2[:, i], pca2[:, j], 'r.')
        ax.plot(pca3[:, i], pca3[:, j], 'g.')

        ax.set_xlabel('PC%d' % i)
        ax.set_ylabel('PC%d' % j)

        plt.savefig('PC%d_vs_PC%d.png' % (i, j))
        plt.close(f)

---

顺便说一下，一般来说，我发现将计算代码与绘图代码分开非常有用。这就是为什么我建议在进入循环之前分离数据集。您希望绘图代码关注绘图，而不是复杂的索引。

我可以告诉您，您是一位前Matlab程序员。你会爱上基于0的索引

您有一个索引器，但调试起来很困难，因为您索引了太多不同的东西，通常在每一行上多次。将代码放入脚本并运行它（

runmain.py

在ipython中或从终端运行

python main.py

），至少您会知道错误发生在哪里。我怀疑您出现了一个逐个错误，因为您似乎正在使用基于1的索引

那么：

# Extract PCA components for each set
pca1 = pcar[:len(set1d)]
pca2 = pcar[len(set1d):len(set1d)+len(set2d)]
pca3 = pcar[-len(set3d):]

# Iterate over each pair of components
for i in range(3):
    for j in range(i+1, 3):
        f = plt.figure()
        ax = f.add_subplot(111)

        ax.plot(pca1[:, i], pca1[:, j], 'b.')
        ax.plot(pca2[:, i], pca2[:, j], 'r.')
        ax.plot(pca3[:, i], pca3[:, j], 'g.')

        ax.set_xlabel('PC%d' % i)
        ax.set_ylabel('PC%d' % j)

        plt.savefig('PC%d_vs_PC%d.png' % (i, j))
        plt.close(f)

---

顺便说一下，一般来说，我发现将计算代码与绘图代码分开非常有用。这就是为什么我建议在进入循环之前分离数据集。您希望打印代码集中于打印，而不是复杂的索引。

是否检查了set1.split（“.”）或set1.split（“.”[0]。split（“”）？是的，这是正确的。我用print-gname测试了枚举-没问题。你是如何运行这个的？您的代码和

len（pcan.d）

的内容没有意义。很难说您想做什么，但要调试代码，如果您在循环之前添加一个

print pcar.shape

，并共享结果，则会很有帮助。您是否检查了set1.split（“.”或set1.split（“.”[0]。split（“”）的内容？是，没错。我用print-gname测试了枚举-没问题。你是如何运行这个的？你的代码和什么是

len（pcan.d）

？很难说你想做什么，但是要调试你的代码，如果你在循环之前添加一个

print pcar.shape

，并分享结果会很有帮助。非常感谢！我对python还不熟悉，但正在努力学习。我给了我很多想法去思考和研究。我收到了所有的数字，但产生了一些消息：文件“”，第5行，在索引器中：无效索引>>>无法调用“事件”命令：应用程序在执行从“ttk:：ThemeChanged”中调用的“event generate$w”（过程“ttk:：ThemeChanged”第6行）时已被破坏，非常感谢！我对python还不熟悉，但正在努力学习。我给了我很多想法去思考和研究。我收到了所有的数字，但生成了一些消息：文件“”，第5行，在索引器中：无效索引>>>无法调用“事件”命令：应用程序在执行从“ttk:：ThemeChanged”中调用的“event generate$w”（过程“ttk:：ThemeChanged”第6行）时被破坏