Python 如何将SBML公式转换为程序代码?
我是sbml的新手,我真的很困惑 我想用龙格库塔解一首颂歌。ODE存储在SBML文件中。 文件的一部分如下所示Python 如何将SBML公式转换为程序代码?,python,c++,xml,sbml,Python,C++,Xml,Sbml,我是sbml的新手,我真的很困惑 我想用龙格库塔解一首颂歌。ODE存储在SBML文件中。 文件的一部分如下所示 <listOfReactions> <reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false"> <listOfReactants> <speciesReference species="P" constant="false"/> </listOfR
<listOfReactions>
<reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false">
<listOfReactants>
<speciesReference species="P" constant="false"/>
</listOfReactants>
<listOfProducts>
<speciesReference species="P" constant="false"/>
</listOfProducts>
<kineticLaw>
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
<apply>
<times/>
<ci> Rp </ci>
<ci> P </ci>
</apply>
</math>
<listOfLocalParameters>
<localParameter id="Rp" value="1" units="per_second"/>
</listOfLocalParameters>
</kineticLaw>
</reaction>
....
</listOfReactions>
我阅读了sbml文档,但没有找到它
你有什么建议吗?
感谢您,如果没有看到整个SBML文件,很难构建一组ODE来解决问题。在python课程()中,我使用libSBML(作为pypi/anaconda包提供)用python解决SBML文件。此处是指向将SBML转换为ODE的文件的链接,然后使用scipy解决:
我希望这会有所帮助,sbml片段有点不寻常。反应物和产物均为P,因此反应为P->P。这意味着P的变化率为零,即 dp/dt=0 在这种情况下,利率定律是什么并不重要
Product = evaluate_sbml_formula(formula,value_of_reactant)