Python 在循环中增加计数器作为字典值

我有一个几百个氨基酸序列的列表，叫做aa_-seq，它看起来是这样的：['afyivhpmfselinefqneghecqcg'，'KVHSLPGMSDNGSPAVLPKTEFNKYKI'，'raqvedlmssphvenasipkgstpip'，'tstnnypmqeqailscieqtmvadak'，…]。 每个序列有27个字母长。我必须确定每个位置（1-27）最常用的氨基酸以及频率

到目前为止，我已经：

   count_dict = {} 
   counter = count_dict.values()
   aa_list = ['A', 'C', 'D', 'E' ,'F' ,'G' ,'H' ,'I' ,'K' ,'L' ,    #one-letter code for amino acids
       'M' ,'N' ,'P' ,'Q' ,'R' ,'S' ,'T' ,'V' ,'W' ,'Y']
   for p in range(0,26):                       #first round:looks at the first position in each sequence
        for s in range(0,len(aa_seq)):          #goes through all sequences of the list 
             for item in aa_list:                #and checks for the occurrence of each amino acid letter (=item)
                  if item in aa_seq[s][p]:
                      count_dict[item]            #if that letter occurs at the respective position, make it a key in the dictionary
                      counter += 1                #and increase its counter (the value, as definded above) by one 
    print count_dict

---

它说KeyError:'A'，它指向行计数[item]。所以aa_列表中的项显然不能以这种方式添加为键。。？我该怎么做？它还给出了一个关于计数器的错误“'int'对象不可编辑”。如何增加计数器？

若要将项目添加到字典，必须将其初始化为一个值：

if item not in count_dict:
    count_dict[item]=0

您可以使用该函数作为一行程序执行此操作：

count_dict.setdefault(item,0)

---

这就是如何快速统计字典中的条目，只需将其添加到您创建的任何代码中即可

count_dict = {} 

aa_list = ['A', 'C', 'D', 'E' ,'F' ,'G' ,'H' ,'I' ,'K' ,'L' ,
       'M' ,'N' ,'P' ,'Q' ,'R' ,'S' ,'T' ,'V' ,'W' ,'Y']

for element in aa_list:
    count_dict[element]=(count_dict).get(element,0)+1

print (count_dict)

你可以去上课

然而，如果您有大数据集，我可能会非常低效。

修改代码 这是您的代码的一个经过修改的工作版本。虽然效率不高，但应该输出正确的结果

请注意：

• 每个索引需要一个计数器。因此，您应该在第一个循环中初始化dict

• 范围（0,26）

  只有26个元素：从0到25（包括）
• 帮助您为每个起始值定义

  0

• 您需要使用

  count\u dict[item]+=1递增计数器

• 在每个循环的末尾，您需要找到具有最高值（出现次数）的键（氨基酸）

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它输出：

('R', 1)
('S', 1)
('Y', 1)
('S', 1)
('E', 1)
('P', 1)
('P', 2)
('M', 4)
...

带计数器的替代方案 您不需要那么多循环，只需要在每个序列的每个字符上迭代一次

此外，无需重新发明轮子：而且是比

defaultdict

和

max

更好的选择

from collections import Counter

aa_seqs = ['AFYIVHPMFSELINFQNEGHECQCQCG', 'KVHSLPGMSDNGSPAVLPKTEFNKYKI', 'RAQVEDLMSLSPHVENASIPKGSTPIP', 'TSTNNYPMVQEQAILSCIEQTMVADAK']

counters = [Counter() for i in range(27)]

for aa_seq in aa_seqs:
    for (i, aa) in enumerate(aa_seq):
        counters[i][aa] += 1

most_commons = [counter.most_common()[0] for counter in counters]
print(most_commons)

它输出：

('R', 1)
('S', 1)
('Y', 1)
('S', 1)
('E', 1)
('P', 1)
('P', 2)
('M', 4)
...

[（'K'，1），（'A'，1），（'Y'，1），（'N'，1），（'N'，1），（'Y'，1），（'p'，2）， （'M'，4），（'S'，2），（'Q'，1），（'E'，2），（'G'，1），（'H'，1），（'N'，1）， （'L'，1），（'N'，1），（'N'，1），（'I'，1），（'G'，1），（'H'，1），（'E'，2）， （'G'，1），（'N'，1），（'K'，1），（'Y'，1），（'K'，1），（'G'，1）]

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你想用

计数[项目]

做什么？即使该词典中确实存在

项

，也只需查找该值并立即将其丢弃；这里不分配任何内容。另外，

计数器

定义为开始时count_dict中的值列表；这是一个空列表，因为count_dict是空的。因此，<代码>计数器+= 1 没有意义，因为你不能向列表中添加整数。不像在C++语言中，你可以通过引用它们来初始化字典（map）条目，在Python中你需要显式初始化字典条目。否则我怎么计算键的出现次数并将其存储为值呢？啊，太酷了，我可以试试。但是

最常见的（）[0]

做了什么，因为输出只给出了所有字母的数量。@ccarroo:列表就是所需的信息。第一个元组是序列中索引0处最常见的字符，出现次数为1。例如，您可以看到

M

在索引7中出现了4次。

most_common（[n]）

将n个最常见的元素打印为一个列表。因此，

most_common（）[0]

在位置i处打印出一个最常见的元素。这仅仅是因为在纯python中迭代列表很慢。当人们谈论“氨基酸序列”时，我立刻想到了千兆字节的数据。因此，使用numpy数组或cython可能是一个不错的选择。是的，但是对于python新手来说，一行代码很难理解。因此，您的解决方案也有一些价值。

from collections import Counter

aa_seqs = ['AFYIVHPMFSELINFQNEGHECQCQCG', 'KVHSLPGMSDNGSPAVLPKTEFNKYKI', 'RAQVEDLMSLSPHVENASIPKGSTPIP', 'TSTNNYPMVQEQAILSCIEQTMVADAK']

counters = [Counter() for i in range(27)]

for aa_seq in aa_seqs:
    for (i, aa) in enumerate(aa_seq):
        counters[i][aa] += 1

most_commons = [counter.most_common()[0] for counter in counters]
print(most_commons)