Python 如何安装和使用github代码进行下一代测序数据分析？

从

VIP

文件：

装置 在机器上安装VIP的步骤如下：

>git克隆https://github.com/keylabivdc/VIP
>cd贵宾
>cd安装程序
>chmod 755*
>sudo sh dependency_installer.sh
>sudo sh db_installer.sh-r[PATH]/[TO]/[DATABASE]

我能做到这一点，但我不知道如何完成其余步骤。

用法

创建默认配置文件。
VIP.sh-z-i-p-f-r
请不要包含NGS文件的任何路径信息。
例如，适用于VIP.sh-z-i test.fq
对VIP.sh-z-i[PATH]/test.fq不好
使用配置文件运行VIP：
VIP.sh-c-i
使用验证模式运行VIP
VIP.sh-i-v

似乎是运行程序的一种非常迂回的方式，但也是可行的

您需要以它们指定的格式编写配置文件，这似乎正是您想要运行的命令。例如：

config.txt

VIP.sh -z -i <name_of_NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r /path/to/your/reference/genome

其中，

-c

是配置文件的路径，

-i

是NGSfile的路径

令人困惑的是，它似乎不希望在配置文件中显示输入文件的路径，而只是它的名称。我认为这应该是可行的。

似乎是运行程序的一种非常迂回的方式，但可行

您需要以它们指定的格式编写配置文件，这似乎正是您想要运行的命令。例如：

config.txt

VIP.sh -z -i <name_of_NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r /path/to/your/reference/genome

其中，

-c

是配置文件的路径，

-i

是NGSfile的路径

令人困惑的是，它似乎不希望在配置文件中显示输入文件的路径，而只是它的名称。不过我认为这应该行得通