Python 在Linux服务器中使用qsub时如何导入argparse？

我想使用CoNIFER，这是一个用于生物信息学的python程序

所以，我为qsub写了一个剧本，因为我的研究所的规定

这是我的qsub脚本。我在前面插入了回车键，以便清楚地显示出来

#!/bin/bash
#$ -N oh
#$ -cwd
cd /usr/etc/GRAPE_ENV/Python/
python /home/osj118/tools/conifer_v0.2.2/conifer.py rpkm
--probes/home/osj118/input/GBM/Gastric/Exome_probe/Exome_probe_capture_library_coordinate.txt
--input /scratch/Gastric_cell_bam/AGS_2.fastq.gz_Illumina_exome_Exome.RGadded.marked.realigned.fixed.recal.bam
--output /home/osj118/output/AGS_rpkm.txt
cd /home/osj118/pyscripts

针叶树不工作，并显示错误消息

ImportError:没有名为argparse的模块

我已经使用了

sys.append.path

函数，但它无法解决我的问题

奇怪的是，当我运行批处理作业时，CoNIFER工作正常，没有任何错误消息

由于批处理作业违反了规则，我想使用qsub在Linux服务器中工作

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请给我这个问题的解决方案。

这闻起来像是蟒蛇问题。pythonpath确定python可以在哪里找到所需的模块。如果您将CoNIFER与它使用的包一起安装在一个目录中，那么Python将仅在这些包位于pythonpath上时才能找到它们

可以按如下方式指定pythonpath：

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导出PYTHONPATH=/CoNIFER安装的目录

最终，它没有解决错误问题

然而，当我在CoNIFER脚本中手动添加以下代码时，它起了作用

import sys
sys.path.append(where your library located)

我不知道怎么了

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但是，对于类似的情况，它应该是一个临时的、快速的解决方案。

顺便问一下，你的意思是我在qsub脚本中添加了“export PYTHONPATH=/directory”吗？虽然你的解决方案是可试用的解决方案，但不幸的是，它不起作用。我猜本地计算机环境和服务器环境有些不同。也许，在分配权限的过程中，管理员遗漏了一些重要的内容。通过将库位置附加到sys.path，您实际上正在修改应用程序本身中的pythonpath。