Python 使用scipy.cluster.hierarchy中的链接函数

我试图将层次聚类应用于图像的像素值。这是为了分配图像的不同区域并提取具有相似颜色的片段。问题是仅按近颜色分割图像，而不是按形状分割图像。 我正在尝试（假设图像加载为numpy形状数组（256256,3），由于版权问题，无法共享图片：

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
ppp=img.reshape(img.shape[0]*img.shape[1],img.shape[2])
Z = linkage(ppp, method = 'ward')
dendrogram(Z,leaf_rotation=90.,    leaf_font_size=8.,)

这是一个错误：

MemoryError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-87-39453b2f2da1> in <module>()
     14     ppp=img.reshape(img.shape[0]*img.shape[1],img.shape[2])
---> 15     Z = linkage(ppp, method = 'ward')
     16     dendrogram(Z,leaf_rotation=90.,    leaf_font_size=8.,)

~\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\scipy\cluster\hierarchy.py in linkage(y, method, metric, optimal_ordering)
    706                          'matrix looks suspiciously like an uncondensed '
    707                          'distance matrix')
--> 708         y = distance.pdist(y, metric)
    709     else:
    710         raise ValueError("`y` must be 1 or 2 dimensional.")

~\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\scipy\spatial\distance.py in pdist(X, metric, *args, **kwargs)
   1650     out = kwargs.pop("out", None)
   1651     if out is None:
-> 1652         dm = np.empty((m * (m - 1)) // 2, dtype=np.double)
   1653     else:
   1654         if out.shape != (m * (m - 1) // 2,):

MemoryError回溯（最近一次调用）
在（）
14 ppp=模型重塑（模型形状[0]*模型形状[1]，模型形状[2]）
--->15 Z=联动（ppp，方法='ward'）
16树状图（Z，叶旋转=90，叶字体大小=8.）
链接中的~\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site packages\scipy\cluster\hierarchy.py（y，方法，度量，最佳顺序）
706“矩阵看起来可疑地像一个未浓缩的”
707‘距离矩阵’）
-->708 y=距离pdist（y，公制）
709其他：
710 raise VALUE ERROR（'y'必须是一维或二维的。“）
pdist中的~\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site packages\scipy\space\distance.py（X，公制，*args，**kwargs）
1650 out=kwargs.pop（“out”，无）
1651如果out为无：
->1652 dm=np.empty（（m*（m-1））//2，dtype=np.double）
1653其他：
1654如果变形！=（m*（m-1）//2，）：

---

你能帮忙吗

ppp

具有形状（65536,3），因此该错误消息中的

m

为65536。在内部，

linkage

创建一个大小为

m*（m-1）//2的浮点值数组，以保存所有成对距离。在您的例子中，这是2147450880个元素。每个浮点元素需要八个字节，因此数组的总大小为17179607040字节。超过17千兆字节。您可能没有足够的内存来分配这样的数组