如何确保slurm中的python提交脚本位于发出sbatch命令的位置？

我有一个python提交脚本，我使用

sbatch

和

slurm

运行该脚本：

sbatch batch.py

当我执行此操作时，由于我假设，

batch.py

进程没有继承正确的环境变量，所以无法正常工作。因此，它不是从执行

sbatch

命令的地方运行

batch.py

，而是从其他地方运行（

/

）。我已通过使用bash脚本包装python脚本来解决此问题：

#!/usr/bin/env bash
cd path/to/scripts
python script.py

这种临时性的黑客行为似乎起到了作用，但似乎它避免了这个问题，而不是解决它。有人知道如何更好地解决这个问题吗

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例如，我知道在docker中存在

-w

或

-WORKDIR

，以便docker容器知道其假定位置。我想知道slurm是否存在类似的功能。

slurm设计用于在提交作业时推送用户环境，但用户或系统管理员明确禁用的变量除外

但脚本的运行方式如下：脚本复制到Slurm特定目录中分配的主节点上，并从那里运行，将

$PWD

设置为运行

sbatch

命令的目录

您可以通过这样一个简单的脚本看到：

$ cat t.sh
#!/bin/bash
#
#SBATCH --job-name=test_ms
#SBATCH --output=res_ms.txt

echo $PWD
dirname $(readlink -f "$0")

$ sbatch t.sh
Submitted batch job 1109631
$ cat res_ms.txt
/home/damienfrancois/
/var/spool/slurm/job1109631

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一个后果是，在当前目录中导入模块的Python脚本无法做到这一点。然后，解决方法是在导入失败之前显式添加

sys.path.append（os.getcwd（））

。

可能：

--workdir=在执行批处理脚本之前，将其工作目录设置为directory。可以将路径指定为执行命令的目录的完整路径或相对路径。

您给sbatch--get user env看了吗？这可能是你需要的。否则，如果环境变量仅添加到当前终端中，您可能希望使用sbatch--export显式传递所需的变量。不确定查看

--获取用户环境的含义，您的意思是查看标志还是环境变量？可能会有帮助：确定，因此，根据您的回复，bash提交脚本中的
$CWD
应该会给我一些东西…但它当前给我一个空的
.out
文件。对不起，不是
$CWD
，而是
$PWD
。我更正并更新了我的答案