Python 过滤numpy字符数组

我有一个字母和“-”的numpy数组，它可能有上万行和数千列。我想将所有的“-”移到右边（不改变其他字母的顺序），然后截断数组，这样就没有一列包含所有的“-”。我正在寻找一个快速的解决方案，也许可以巧妙地使用内置的numpy例程

背景：
数组中的每一行实际上都是一个遗传序列，其中的“-”是随机插入的，原因在这里并不重要。不用处理数组，我实际上可以将所有序列保存为字符串，在右侧用“-”填充它们以匹配最大非平凡序列长度，然后转换为数组。然而，结果是相当缓慢的，这就是为什么我正在寻找一种聪明的方法来完成它，从一个字母数组开始，这是很容易获得的 作为

np.array（aln）

，其中

aln

是序列生物粒子对齐对象

更新
下面是一个例子，希望能澄清这个问题。如果我从数组开始

np.array([['-', 'A', 'C', '-', 'T'], ['A', 'G', '-', 'T', 'T']])

我想把它变成

np.array([['A', 'C', 'T', '-', '-'], ['A', 'G', 'T', 'T', '-']])

最终

np.array([['A', 'C', 'T', '-'], ['A', 'G', 'T', 'T']])

这部分不清楚 我想过滤右边的所有“-”（不混合其他字母），然后截断数组

如果你只是试着去掉每个“-”，你可以用一个面具， 比如说

import numpy as np
a = np.array([ 'w', '-' ,'-', 'x','-' ,'y', 'z' ])
b = a[~np.isin(a, '-')]

输出将是

['w''x''y''z']

更新：
在您的解释之后，我建议首先使用一个列表来表示您的数据，然后您可以过滤它并将其转换为numpy数组

import numpy as np
myList = [['-', 'A', 'C', '-', 'T'], ['A', 'G', '-', 'T', 'T']]
fil = [ [i for i in x if i != '-'] for x in myList]
length = max(map(len, fil))
myArr =np.array([xi+[None]*(length-len(xi)) for xi in fil])

输出：myArr

[['A' 'C' 'T' None]
 ['A' 'G' 'T' 'T']]

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看看这对你有用吗

import numpy as np

data = np.array([['-', 'A', 'C', '-', 'T'], ['A', 'G', '-', 'T', 'T']])
new_data = np.tile('-', data.shape)

longest_line = 0
for i, line in enumerate(data):
    not_dash = line != '-'
    n_characters = sum(not_dash)
    new_data[i, :n_characters] = line[not_dash]
    longest_line = n_characters if n_characters > longest_line else longest_line

new_data = new_data[:, :longest_line]

输出

>>> new_data
array([['A', 'C', 'T', '-'],
       ['A', 'G', 'T', 'T']], dtype='<U1')

>>新数据
数组（[[A'，C'，T'，'-']，
['A'，'G'，'T'，'T']]，dtype='对我来说不清楚，你说的“我想过滤右边所有的'-'是什么意思'。你可以在你的问题后面加上一个示例数组和预期结果吗？我想把所有的“-”移到右边@LydiavanDyke@LydiavanDyke我添加了一个示例。它的方向可能是正确的。但是，我的数组是2D，不同行中的“-”数不相同。在当前形式中，它给了我一个flattened数组。我需要保留行，最好是每一行具有相同的长度。