Python中的DNA序列比对，使块更干净

我在写一个程序，你输入一个短的DNA序列和一个长的，它试图返回DNA序列的最佳排列。标准是，如果存在差距，则减去10；如果存在匹配，则加1；如果存在不匹配，则减去1。 我的程序的第一部分对对齐进行评分，它通过不断删除长序列的第一个元素，然后对对齐进行评分，从而递归地工作。我的问题是我的积木很难看。有没有一种方法可以让我在不断删除元素之前回调原来的x

lst=[]
def align_score(x,y):
    gap_score=(len(x)-len(y))*(-10)
    match_score=0
    mismatch_score=0
    ref=0
    try:
        for base in y:
            if y[ref]==x[ref]:
                match_score+=1
                ref+=1
            else:
                mismatch_score-=1
                ref+=1
        a=gap_score+match_score+mismatch_score
        lst.append(a)
        del(x[0])
        align_score(x,y)
    except:
        z=lst.index(max(lst))
        x='ACGTCCTTCATT'
        print x
        y='GTCTCATG'
        print "%s%s"%(" "*z, y)

x=list('ACGTCCTTCATT')
y=list('GTCTCATG')
align_score(x,y)

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有两种方法可以轻松做到这一点：

• 将函数中的变量

  x_orig=x

  和

  y_orig=y

  指定为第一个变量 然后在except块中调用

  x_orig

  和

  y_orig

  的行
• 在函数外部设置

  STRAND_X

  和

  STRAND_Y

  全局常量 作用域，使用常量作为参数调用函数，操纵 try块中的局部变量

  x

  和

  y

  ，然后参考 块中的全局常量