python数据框架中的单链接层次聚类

我有一个数据框架来进行分层聚类

    A   B   C
A   0   1   3
B   1   0   2
C   3   2   0

我尝试的代码：

z=linkage(df,'single')
dn = dendrogram(z,labels=index)

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然后我得到了一个奇怪的结果：a&B作为一个距离为1.73的集群（正确的应该是1），然后a&B&C作为一个距离为3.46的集群（正确的应该是2）

在

scipy.cluster.hierarchy.linkage

中使用的默认距离是欧几里德距离，定义为

d（x，y）=\sqrt（\sum（x_i-y_i））

（您可以检查它）。我认为你感到困惑的原因是因为你在取平均值（并计算均方根误差）

所以在你的例子中

d（A，B）=\sqrt（3）=1.73

然后，由于链接是单链接，因此（A，B）和C之间的距离是d（A，C）和d（B，C）之间的最小距离，即

d（B，C）=\sqrt（12）