在python中，有没有一种更快的方法来应用函数而不是在循环中使用循环

我正在迭代一个文件并创建一组唯一的“in”字符串。接下来，我迭代一对文件，并提取每个fastq读取的序列字符串。接下来，我将遍历“in”集合，查看字符串的Levenshtein距离是否为。您可以使用dictionary而不是list，其中键是条形码

如果您不喜欢使用循环中的循环，可以使用列表理解和测试性能

inlist = open("umi_tools_inlist_2000.txt", "r")
barcodes = dict()

for line in inlist:
    barcodes[line.split("\t")[0]] = 0

# Next I iterate through two fastq files and extract the sequence of each read
with pysam.FastxFile("errors_fullbarcode_read_R1.fastq") as fh, pysam.FastxFile("errors_fullbarcode_read_R2.fastq") as fh2:

for record_fh, record_fh2  in zip(fh, fh2):
    barcode = record_fh.sequence[0:24]

    b_found = [b for b in barcodes.keys() if Levenshtein.distance(barcode, b) <= 2]
    # as per your logic b_found will have only zero or one ele
    if b_found:  
        new_b = barcodes[b_found[0]] + record_fh.sequence[24:]
        barcodes[new_b] = 0
        del barcodes[b_found[0]]

inlist=open（“umi\u tools\u inlist\u 2000.txt”、“r”）
条形码=dict（）
对于inlist中的行：
条形码[行分割（“\t”）[0]]=0
#接下来，我遍历两个fastq文件并提取每次读取的序列
将pysam.FastxFile（“errors\u fullbarcode\u read\u R1.fastq”）作为fh，将pysam.FastxFile（“errors\u fullbarcode\u read\u R2.fastq”）作为fh2：
对于zip（fh，fh2）中的记录（fh，fh2）：
条形码=记录顺序[0:24]
b_found=[b代表条形码中的b.keys（），如果Levenshtein.distance（条形码，b）如果你想提高ALGO的质量，这可能是相关的，或者如果你把LevsTein改为更简单的度量，你可能会直接使用KDDTURE来删除一个循环。或者你可以切换到一个更高效的语言C++ C++，谢谢。是否有许多使用相同的两个代码调用Levenshtein？如果是这样，您可能会从使用例如
lru.cache
缓存这些结果中获益，或者通过在字典中存储本地数据来避免重新计算距离。
inlist = open("umi_tools_inlist_2000.txt", "r")
barcodes = dict()

for line in inlist:
    barcodes[line.split("\t")[0]] = 0

# Next I iterate through two fastq files and extract the sequence of each read
with pysam.FastxFile("errors_fullbarcode_read_R1.fastq") as fh, pysam.FastxFile("errors_fullbarcode_read_R2.fastq") as fh2:

for record_fh, record_fh2  in zip(fh, fh2):
    barcode = record_fh.sequence[0:24]

    b_found = [b for b in barcodes.keys() if Levenshtein.distance(barcode, b) <= 2]
    # as per your logic b_found will have only zero or one ele
    if b_found:  
        new_b = barcodes[b_found[0]] + record_fh.sequence[24:]
        barcodes[new_b] = 0
        del barcodes[b_found[0]]