在python中对BED/Interval文件中的每一行进行相同的更改

我有一个床位间隔文件，我正试图使用Galaxy online工具处理它。目前，文件中的每一行都以一个代表染色体编号的数字开头。为了正确上传，我需要每一行以chr开头，然后是数字。例如，以2L开头的行，我需要更改，使它们以chr2L开头，并对以数字开头的每一行执行相同的操作，不仅仅是2L，还有许多不同的数字。我在想，如果我可以在每一行的开头添加一个chr，而不影响其他列，那就太好了，但是我不知道如何在python中实现这一点 你能帮帮我吗

谢谢

第一步打开文件

  file = open("somefile.txt")

第二步，排队

  lines = list(file.readlines())
  file.close()

第3步使用列表理解

   new_lines = ["chr"+line for line in lines]

步骤4将新行写回文件

   with open("somefile.txt","w") as f:
       f.writelines(new_lines)

为了不在内存中存储所有行

   file1 = open("some.txt")
   file2 = open("output.txt","w")

   for line in file1:
       print >> file2, "chr"+ line

   file1.close()
   file2.close()

然后只需将output.txt复制到原始文件名

第一步打开文件

  file = open("somefile.txt")

第二步，排队

  lines = list(file.readlines())
  file.close()

第3步使用列表理解

   new_lines = ["chr"+line for line in lines]

步骤4将新行写回文件

   with open("somefile.txt","w") as f:
       f.writelines(new_lines)

为了不在内存中存储所有行

   file1 = open("some.txt")
   file2 = open("output.txt","w")

   for line in file1:
       print >> file2, "chr"+ line

   file1.close()
   file2.close()

然后只需将output.txt复制到原始文件名

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您是否必须使用python而不是针对此类任务而设计的sed、awk或perl？例如perl-pi-E's/^/chr/'inputfile.bde您是否必须使用python而不是sed、awk或perl，哪些是为这类任务设计的？例如perl-pi-E's/^/chr/'inputfile.bde这是否需要Python同时在内存中保存所有新的或旧的行？我猜这确实需要对旧的行执行此操作。或者您可以写入另一个文件，然后在最后只复制原始文件。。。但是如果你想写同一个文件，你需要把所有的行都读到memoryAh，对。我忽略了您正在回写同一个文件的事实。这是否需要Python同时在内存中保存所有新的或旧的行？我猜这确实需要对旧的行执行此操作。或者您可以写入另一个文件，然后在最后只复制原始文件。。。但是如果你想写同一个文件，你需要把所有的行都读到memoryAh，对。我错过了你写回同一个文件的事实。