在pip安装期间更改Biopython包含编译路径

我正试图在我的工作机器（OpenSuse x86_64）上使用PIP安装Biopython（一个python包）

在尝试使用numpy头进行编译之前，一切都很顺利

gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -fmessage-length=0 -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -g -fPIC -I/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c Bio/Cluster/clustermodule.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/Bio/Cluster/clustermodule.o

在这一点上它失败了

Bio/Cluster/clustermodule.c:2:31: fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory

这是因为

numpy/arrayobject.h

处于

/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/

而不是

/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include 

是否有方法全局或显式地更新设置此安装的include path（到

/local

版本）的任何变量

更新

一年多以后，我遇到了一个类似的问题，只是这次我的系统上根本不存在

.h

文件。只需将另一台机器上的

.h

复制到

/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy

---

目录安装进行得很顺利。

多亏了@Bort，我发现这显然是一个错误（本地/用户空间安装根本不起作用）

通过在以下位置编辑Biopython

setup.py

文件

起初的 更新 然后使用pip从源代码安装（我用更新的

setup.py

文件重新压缩了文件夹，然后运行）

它已经安装好了，很好用

更新

---

实际上，我在另一台openSUSE机器上也遇到了类似的问题，但这次没有包含任何文件。。。为了解决这个问题，我从numpy源代码中复制了它们，并使用上面的include_dirs更新将它们输入

我假设biopython的打包是错误的，因为它没有尝试导入numpy并检查numpy。我建议打开一个bug报告。但我的系统也可能设置错误-我的numpy。它指向“/usr/lib64/python2.7/site packages/numpy/”您是否尝试了中提到的本地安装？我刚刚在本地机器上安装了一个pip——用户biopython，它工作得非常完美。当然，第8节中不是pip安装。您可以要求pip仅下载、编辑setup.py中的路径，然后手动安装。或者，您可以复制或链接相关文件，以便pip可以找到它们。只需ooc，如果要导入numpy，请打印numpy。u file_u和print numpy.get_include（），它们是否指向您机器上的不同目录？我希望您知道BLAS、numpy和scipy在open_suse.numpy.文件中的情况有多糟糕。我4天前开始使用OpenSuse（在使用Ubuntu几年之后），但没有。谢谢你的提醒。现在这让人困惑，你进口的numpy和你生产biopython的那个不一样。。。。你应该调查一下。我仍然坚持使用suse，因为一个人无法改变整个部门。但是，我们只使用我们自己的版本，所以导入的numpy文件夹缺少任何.h include文件，这些文件似乎都在/usr/local/…中。。。目录而不是/usr/lib64/。。。。我不确定这是否是故意的（在/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy文件夹中实际上只有两个.txt文件，仅此而已）。

#Add extensions that requires NumPy to build
if is_Numpy_installed():
   import numpy
   numpy_include_dir = numpy.get_include()
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Cluster.cluster',
              ['Bio/Cluster/clustermodule.c',
               'Bio/Cluster/cluster.c'],
              include_dirs=[numpy_include_dir],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.KDTree._CKDTree',
              ["Bio/KDTree/KDTree.c",
               "Bio/KDTree/KDTreemodule.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Motif._pwm',
              ["Bio/Motif/_pwm.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir],
              ))

#Add extensions that requires NumPy to build
if is_Numpy_installed():
   import numpy
   numpy_include_dir = numpy.get_include()
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Cluster.cluster',
              ['Bio/Cluster/clustermodule.c',
               'Bio/Cluster/cluster.c'],
              include_dirs=[numpy_include_dir, '/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/'],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.KDTree._CKDTree',
              ["Bio/KDTree/KDTree.c",
               "Bio/KDTree/KDTreemodule.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir, '/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/'],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Motif._pwm',
              ["Bio/Motif/_pwm.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir, '/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/'],
              ))

pip install recompressed.tar.gz