带ggplot2的Karyogram和SNP（几何路径、几何条、ggbio）

我想用SNP标记绘制一个染色体组图。
它与函数

段一起工作

，但我想使用ggplot2软件包来显示优雅的图形。

---

ggbio:
我用函数

layout\u karyogram

检查了ggbio包，但染色体是在垂直位置绘制的。我没有找到一种方法来旋转每个染色体下面的图，并将我的SNP的名字写在它们的片段旁边

---

geom_-bar

：
然后我尝试了ggplot2包中的

geom_bar

：

这个形状看起来很好。所以我试着运行几个染色体的代码

---

p我会选择
geom\u段
。SNP段的
x
开始/结束是硬编码的（
as.integer（chr）-+0.05
），但在其他方面代码相当简单

ggplot() +
  geom_segment(data = data,
               aes(x = chr, xend = chr, y = 0, yend = size),
               lineend = "round", color = "lightgrey", size = 5) +
  geom_segment(data = SNP,
               aes(x = as.integer(chr) - 0.05, xend = as.integer(chr) + 0.05,
                   y = pos, yend = pos, color = type),
               size = 1) +
  theme_minimal()



数据
ggplot() + geom_path(data=NULL, mapping=aes(x=c(1,1), y=c(1,100)),size=3, lineend="round")   

p <- ggplot()
data<-data.frame(chromosome=paste0("chr", 1:4),size=c(100,400,300,200),stringsAsFactors = FALSE)
for (i in 1:length(data[,1])){
  p <- p + geom_path(data=NULL, mapping=aes(x=c(i,i), y=c(1,data[i,2])), size=3, lineend="round")
}   

ggplot() +
  geom_segment(data = data,
               aes(x = chr, xend = chr, y = 0, yend = size),
               lineend = "round", color = "lightgrey", size = 5) +
  geom_segment(data = SNP,
               aes(x = as.integer(chr) - 0.05, xend = as.integer(chr) + 0.05,
                   y = pos, yend = pos, color = type),
               size = 1) +
  theme_minimal()

data <- data.frame(chr = paste0("chr", 1:4),
                   size = c(100, 400, 300, 200))

SNP <- data.frame(chr = paste0("chr", c(1, 1, 2, 3, 3, 4)),
                  pos = c(50, 70, 250, 20, 290, 110),
                  type = c("A", "A", "A", "B", "B", "B"))