使用caper阅读r中的newick格式发展史

我希望使用独立对比进行比较分析，我相信这可以在ape中完成。我有一个newick格式的猫家族的发展史，当我试图阅读该文件时，我得到以下错误：

物理层： 缺少需要TRUE/FALSE的值

谁能很友好地向我解释一下这个错误是什么意思吗

亲切问候,， K

编辑时，newick字符串发布在下面：

---

（老虎108，雪豹024，（美洲虎026，（狮子127，豹028）），（云豹25，（巽他云豹036）），（（Serval_001，（Caracal_020，非洲金猫002）），（（潘帕斯猫3，（虎纹虎13，（虎纹虎6，（杰弗里猫003，博科德猫003）），（安第斯山猫1，（Margay_022，Lot_006）），（加拿大山猫3），（加拿大山猫3，），（欧亚猞猁001，伊比利亚猞猁2）），（大理石猫005，（海湾猫2，亚洲金猫8）），（（丛林猫20，（黑脚猫0006，（沙猫8，（（欧洲野猫007，家猫4804），（非洲野猫0004，中国沙漠猫5()())），（帕拉斯猫65，（锈斑猫1，（平头猫6，（捕鱼猫02A，亚洲豹猫054)())），（猎豹234，（Jaguarundi_5，Puma_28(()(()(()))

您的newick树有单例节点，

read.tree

无法处理。请安装

phytools

库并改用

read.newick

函数

请注意，您可能需要使用

collapse.singles（）

折叠单例节点来执行任何分析

library(phytools)
tree = read.newick("phylogeny.txt")
# Read 1 item

---

您的newick树有单例节点，

read.tree

无法处理这些节点。请安装

phytools

库并改用

read.newick

函数

请注意，您可能需要使用

collapse.singles（）

折叠单例节点来执行任何分析

library(phytools)
tree = read.newick("phylogeny.txt")
# Read 1 item

---

您需要向我们展示您的phylogeny newick字符串的外观。它是否有单例节点（只有一个后代的节点）？您好。我已添加了newick字符串。您需要向我们展示您的phylogeny newick字符串的外观。它是否有单例节点（只有一个后代的节点）？您好。我添加了newick字符串。非常感谢，这很有效。：）我现在只需要弄清楚如何实际进行分析，但我真诚地非常感谢您的帮助，因为在我还没有开始之前！@KB2您可以从查看

ape

包中的

pic

函数开始。

ape

是您进行系统发育分析的大部分工具。如果我想比较平均年降雨量、温度和海拔（例如）来分析家域大小，我如何使用pic（x，phy，scaled=TRUE，var.contrasts=FALSE，rescaled.tree=FALSE）来分析家域大小？@KB2是的，应该可以。只要确保

x

的格式正确；您可能应该命名与值相关的提示标签对应的

x

的值。我真的不明白。例如，“x”会是“老虎”吗？我应该告诉r在哪里查看降雨数据？非常感谢，这很有效。：）我现在只需要弄清楚如何实际进行分析，但我真诚地非常感谢你的帮助，因为在我还没开始之前@KB2您可以从查看

ape

包中的

pic

函数开始

ape

是进行系统发育分析的大多数工具。如果我想对比平均年降雨量、温度和海拔（例如）来分析家域大小，我将如何使用pic（x，phy，scaled=TRUE，var.contrasts=FALSE，rescaled.tree=FALSE）？@KB2是的，应该可以。只需确保

x

的格式正确即可；您可能应该命名与值关联的提示标签对应的

x

的值。我不太明白。例如，“x”是“老虎”吗？我会告诉r在哪里查看降雨数据？