如何更改R中的t-sne距离？

我尝试在

R

中使用

T-sne

。 我想用dtw代替欧几里德距离。 如何在

R

中更改规范

对策展数据执行算法

库（Rtsne）
tsne您可以使用选择的方法向
Rtsne
提供任何距离矩阵，并将
is_distance
标志设置为
TRUE
。有关更多信息，请参阅
？Rtsne
的提供预计算距离部分

library(Rtsne)
library(vegan)

df = data.frame(A = c(4, 11, 17, 0, 2, 4, 8, 10, 2, 4),
                B = c(6, 10, 7, 2, 21, 3, 3, 0, 2, 17),
                C = c(5, 2, 3, 12, 12, 14, 0, 7, 8, 2),
                D = c(7, 16, 24, 18, 31, 8, 2, 21, 3, 13))


bc <- vegdist(df, method = "bray")
tSNE <- Rtsne(bc, is_distance = TRUE, dims = 2, perplexity = 2, verbose = TRUE, max_iter = 500)

库（Rtsne）
图书馆（素食主义者）
df=数据帧（A=c（4,11,17,0,2,4,8,10,2,4），
B=c（6,10,7,2,21,3,3,0,2,17），
C=C（5,2,3,12,12,14,0,7,8,2），
D=c（7,16,24,18,31,8,2,21,3,13））
bc我不知道动态时间扭曲是什么，但如果它创建了一个距离矩阵，你可以提供它，而不是计算欧几里德距离。请参阅
？Rtsne
以获取帮助。您的意思是我必须首先制作dtw距离矩阵。数据X的类别成为一个距离，然后在Rtsne中更改“is_distance=true”。是吗？@Anonymouscoward:你能把这个问题转化为给定距离指标的答案吗，比如说
bray curtis
或
manhattan
？非常感谢。我可以发布答案，但请记住我不熟悉
Rtsne
，所以我只是插入一个矩阵。太好了，非常感谢。我会记住，我仍然必须以有意义的方式应用它；-）
library(Rtsne)
library(vegan)

df = data.frame(A = c(4, 11, 17, 0, 2, 4, 8, 10, 2, 4),
                B = c(6, 10, 7, 2, 21, 3, 3, 0, 2, 17),
                C = c(5, 2, 3, 12, 12, 14, 0, 7, 8, 2),
                D = c(7, 16, 24, 18, 31, 8, 2, 21, 3, 13))


bc <- vegdist(df, method = "bray")
tSNE <- Rtsne(bc, is_distance = TRUE, dims = 2, perplexity = 2, verbose = TRUE, max_iter = 500)