使用Dendestend绘制R中的子地块

我正在用R绘制Tanglegrams。我想知道是否可以使用

par（mfrow=c（2,2））

绘制多个子图

我似乎不明白

谢谢

library(dendextend)
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)

par(mfrow = c(2,2))
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)

库（Dendestend）
密度15%dist%%>%hclust（method=“average”）%%>%as.dengram
密度15%集（“标签到字符”）
dend51%集（“标签”，如.character（5:1））%>%按标签匹配顺序（dend15）
密度15μ51tl；dr:不可能将
par（mfrow=…）
与函数
tanglegram
一起使用，但可以使用
布局

解释：如果你仔细观察函数
tanglegram
，你会看到（
方法（tanglegram）
）下面有几个方法，其中，
dendextend:：：tanglegram.dengram
，它被调用来绘制tanglegram（可以在
dendextend:：：tanglegram.dendlist
函数中看到）

在这个函数中，有一个对布局的调用：

layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width) 

这将“擦除”您以前的
par设置（mfrow=c（2，2））
，并将其更改为
c（1，3）
（仅用于函数的“时间”，因为在函数结束时，该值被重置…）

实际上，在
布局的帮助页面中，它说：

这些功能与在设备上安排绘图的其他机制完全不兼容：par（mfrow）、par（mfcol）和split.screen

结论：如果要在同一个“窗口”中绘制多个Tanglegram，则需要使用
布局
调用（有12个子部分：2行6列）在调用
tanglegram
之前，使用参数
just_one=FALSE
在
tanglegram
内部抑制
layout
调用

绘制多个图形的示例：

使用下面的代码，您可以获得所需的绘图（我将函数的默认宽度用于布局）：


这是通过更新dendextend包来实现的，其中：我修改了两个函数
tanglegram.dengram
和
tanglegram.dendlist
，添加一个
仅一个
参数，该参数默认为
TRUE
，并将
tanglegram.dengram
中的
布局的行更改为：

 if (just_one) layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width)

我还抑制了
par
参数的重置，当然在
tanglegram.dendlist
中更改了调用（现在称为
tanglegram.dendlist\u mod
）因此，它调用新的修改函数，将
仅包含一个
参数，并将其传递给修改后的
tanglegram.dendrogram
函数。
与在单个图形设备中创建组合图不同，您可以创建多个图，并在将它们放入文档时对其进行排列。
knitr
包通过使用
fig.show=“hold”
保留在单个R区块中生成的多个绘图，并指定相关的
out.width
，例如，当绘图放置在文档中时，将50%设置为一行有两个绘图，可以轻松实现这一点

例如，在R标记（
.Rmd
）文件中，您可能有

```{r, fig.show = "hold", out.width = "50%", echo = FALSE}
suppressPackageStartupMessages(library(dendextend))
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
```

`{r，fig.show=“hold”，out.width=“50%”，echo=FALSE}
suppressPackageStartupMessages（库（DendExtrend））
密度15%dist%%>%hclust（method=“average”）%%>%as.dengram
密度15%集（“标签到字符”）
dend51%集（“标签”，如.character（5:1））%>%按标签匹配顺序（dend15）
dends_15_51作为一个快速的替代方案，你可以抓取图像，并将其转换为网格对象，然后进行合并。@user20650我曾想过使用
网格
，但不知道可以抓取图像。我一直缺少这个包，谢谢！@user20650好主意，但不幸的是，你链接到的解决方案不适用于tanglegram。问题在于eems是水平树状图上的
grid.echo
阻塞（例如
plot（dend51）；grid.echo（）
工作，
plot（dend51，horiz=TRUE）；grid.echo（）
抛出错误）这是将图像转换为网格对象所必需的。可惜网格方法在这里不起作用-在这种情况下，修改
tangle。树状图
可能更简单。注意，作为创建
\u mod
函数的替代方法，您可以使用
fixInNamespace（tangle.dendrogram，“Dendex”）
要进行更改，则可以直接将
tanglegram
与新的
just_one
参数一起使用。HI@Cath是否要对此添加进行拉取请求？
```{r, fig.show = "hold", out.width = "50%", echo = FALSE}
suppressPackageStartupMessages(library(dendextend))
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
```