R 在ggplot2中叠加两个具有不同颜色比例的散点图

我试图在ggplot2中覆盖两个散点图。目标是使点的外部根据一个变量（6个类别，因子）着色，内部填充另一个连续变量（数字）的渐变色

我写了两段代码，每段代码都独立工作（请参见下面的截图）

当我尝试以这种方式覆盖它们时：

    p <- ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
  theme_classic() +
  geom_point(aes(color = carbon.ratio), size = 2.88, alpha=5/6) +
  scale_colour_gradient(low = "blue", high = "yellow")

    p + geom_point(aes(color = factor(subspecies)), shape = 1, size = 2.95,         stroke=1, alpha=5/6) +
    scale_color_manual(breaks = c("gutturalis", "rg.hybrids", "rt", "rustica", "tg", "tytleri"), values=c("#0066CC", "#9933CC", "#FFCC99", "#CC0000", "#33CC99", "#FFFF00")) 

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p一般来说，你只能绘制一张美学地图。这里有一个变通方法，它使用连续变量的
填充
美学作为替代，使用
shape=21
。然而，我更愿意映射到另一种美学，例如完全不同的
形状
，就像在第二个版本中一样

库（tidyverse）
ggplot（虹膜，aes（x=花瓣长度，y=花瓣宽度））+
主题(经典)+
几何点(
映射=aes（颜色=物种），
形状=1，
尺寸=3，
冲程=2，
α=5/6
) +
几何点(
映射=aes（填充=萼片长度，颜色=NA），
尺寸=2.88，
α=5/6，
形状=21
) +
比例填充梯度（低=蓝色，高=黄色）


库（viridis）
#>加载所需的包：viridisLite
ggplot（虹膜，aes（x=花瓣长度，y=花瓣宽度））+
主题(经典)+
几何点(
映射=aes（颜色=萼片长度，形状=种类），
尺寸=3，
α=5/6
) +
鳞片颜色绿色（）


由（v0.2.0）于2018年4月19日创建。
非常感谢，第一个示例正是我想要的。是否可以为第一个几何点指定自定义颜色？是的，我将其删除，因为它看起来更不可读，但欢迎您将“缩放颜色”手册放回索引中，第二个版本看起来更好。最后一个问题-如何在那里分配自定义形状？我试过这个：ggplot（PCA_同位素2，aes（x=PC1，y=PC2））+theme_classic（）+geom_point（映射=aes（颜色=碳比，形状=亚种），大小=2，α=5/6，比例形状手册（断裂=c（“gutturalis”，“rg.Hybrides”，“rt”，“rustica”，“tg”，“tytleri”），值=c（0,1,2,5,6,3））+比例颜色绿色（）并得到一个错误“ggplot2不知道如何处理ScaleDiscrete/Scale/ggproto类的数据”
    p <- ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
  theme_classic() +
  geom_point(aes(color = carbon.ratio), size = 2.88, alpha=5/6) +
  scale_colour_gradient(low = "blue", high = "yellow")

    p + geom_point(aes(color = factor(subspecies)), shape = 1, size = 2.95,         stroke=1, alpha=5/6) +
    scale_color_manual(breaks = c("gutturalis", "rg.hybrids", "rt", "rustica", "tg", "tytleri"), values=c("#0066CC", "#9933CC", "#FFCC99", "#CC0000", "#33CC99", "#FFFF00"))