R 相似矩阵上的树状图和热图
我已经计算了一个相似矩阵，用于对我的数据进行两两比较，我想使用层次聚类和热图来可视化数据 热图不是一个问题，但对于分层聚类，它似乎在做我的相似性矩阵的距离矩阵（如果这改变了情况，我正在使用packageR 相似矩阵上的树状图和热图,r,heatmap,hierarchical-clustering,dendrogram,R,Heatmap,Hierarchical Clustering,Dendrogram,我已经计算了一个相似矩阵，用于对我的数据进行两两比较，我想使用层次聚类和热图来可视化数据 热图不是一个问题，但对于分层聚类，它似乎在做我的相似性矩阵的距离矩阵（如果这改变了情况，我正在使用packageaheatmap），然后进行聚类 在热图图旁边，指定它已经是基于该数据的相似性矩阵和集群的最佳方式是什么 谢谢 您应该能够将对指定为aheatmap。我用iris软件包试用了一下 NMF::aheatmap(iris[, 3:4]) # The default uses euclidean NMF
aheatmap谢谢 您应该能够将对指定为
aheatmapirisNMF::aheatmap(iris[, 3:4]) # The default uses euclidean
NMF::aheatmap(iris[, 3:4], Rowv = 'manhattan', Colv = 'euclidean') # Specify what type of distance method to use on rows, and columns.
hc <- hclust(dist(x, method = 'minkowski'), method = 'centroid')
aheatmap(x, Rowv = hc, info = TRUE)
hc我不确定我是否理解你的要求。您是说您将相似性矩阵传递到pheatmap
函数中，以执行另一个相似性矩阵？我认为那是行不通的。您不能在函数中这样做，指定您想要的距离方法的类型吗？你能澄清一下我的假设是否不正确吗？不，我想阻止软件包从我已经传递给它的相似矩阵中创建相似矩阵。如果我错了，它实际上没有这样做，请让我知道！