R CMD检查,警告,Rd交叉参考,无可用程序包
我正在对我的包运行R CMD检查。我的命令如下:R CMD检查,警告,Rd交叉参考,无可用程序包,r,cran,R,Cran,我正在对我的包运行R CMD检查。我的命令如下: R CMD检查--无渐晕图--无手动--忽略渐晕图\path\to\package 检查Rd交叉引用时,我收到以下警告: 正在检查Rd交叉引用。。。警告 find.package(package,lib.loc)中出错: 没有名为“群集”的包 调用:-->lappy->FUN->find.package 停止执行 问题是我不使用代码中的集群包。在说明文件中,它没有作为依赖项列出。在/R和/man中没有对集群的引用 可能发生了什么 附言。 其他信
R CMD检查--无渐晕图--无手动--忽略渐晕图\path\to\package
检查Rd交叉引用时,我收到以下警告:
正在检查Rd交叉引用。。。警告
find.package(package,lib.loc)中出错:
没有名为“群集”的包
调用:-->lappy->FUN->find.package
停止执行
问题是我不使用代码中的集群
包。在说明
文件中,它没有作为依赖项列出。在/R和/man中没有对集群的引用
可能发生了什么
附言。
其他信息:
> sessionInfo()
R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows Server x64 (build 14393)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] my_package_1.0.0 testthat_2.1.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 lubridate_1.7.4 prettyunits_1.0.2 assertive.properties_0.0-4
[5] assertive.types_0.0-3 assertive.data.us_0.0-2 ps_1.3.0 assertthat_0.2.1
[9] zeallot_0.1.0 rprojroot_1.3-2 digest_0.6.20 foreach_1.4.4
[13] R6_2.4.0 backports_1.1.4 assertive.code_0.0-3 pillar_1.4.2
[17] assertive.strings_0.0-3 rlang_0.4.0 rstudioapi_0.10.0-9000 data.table_1.12.2
[21] callr_3.3.0 assertive_0.3-5 assertive.data_0.0-3 desc_1.2.0
[25] devtools_2.1.0 readr_1.3.1 stringr_1.4.0 compiler_3.5.3
[29] xfun_0.8 pkgconfig_2.0.2 pkgbuild_1.0.3 tidyselect_0.2.5
[33] tibble_2.1.3 roxygen2_6.1.1 assertive.sets_0.0-3 codetools_0.2-16
[37] crayon_1.3.4 dplyr_0.8.3 withr_2.1.2 commonmark_1.7
[41] assertive.base_0.0-7 magrittr_1.5 assertive.models_0.0-2 cli_1.1.0
[45] stringi_1.4.3 fs_1.3.1 assertive.matrices_0.0-2 remotes_2.1.0
[49] doParallel_1.0.14 xml2_1.2.0 assertive.reflection_0.0-4 assertive.datetimes_0.0-2
[53] vctrs_0.2.0 iterators_1.0.10 RODBC_1.3-15 tools_3.5.3
[57] glue_1.3.1 purrr_0.3.2 assertive.numbers_0.0-2 hms_0.5.0
[61] processx_3.4.0 pkgload_1.0.2 parallel_3.5.3 assertive.files_0.0-2
[65] assertive.data.uk_0.0-2 sessioninfo_1.1.1 memoise_1.1.0 knitr_1.23
[69] usethis_1.5.1
更新:编辑了我的原始帖子。 TLDR:确保库中没有空的包目录 我花了一些时间深入研究这个问题,下面是正在发生的事情 作为R Rd交叉引用检查的一部分,执行以下代码语句(使用tools包中的一些函数):
base我试图删除集群
并检查一个包,但没有收到警告。也许这是R3.5.3中的一个bug,我使用的是R3.6.1。行base感谢您提供的信息。我将调查AHA,库
是默认的系统位置。除了.libPaths
中的默认路径之外,我还有一个路径。默认库中有一个名为cluster
的文件夹,而包本身丢失了。谢谢,问题解决了。
base <- unlist(tools:::.get_standard_package_names()[c("base", "recommended")],
use.names = FALSE)
base <- base[dir.exists(file.path(.Library, base))]
aliases <- lapply(base, tools:::Rd_aliases, lib.loc = NULL)