迁移R库

我想在Linux上将几个R库（*）从一个驱动器移动到另一个驱动器，并且想知道一个简单的移动是否可行和安全，或者我是否应该卸载并重新安装这些包。我意识到库的位置是通过

.libPaths（）

确定的，我已经阅读了“R安装和管理”手册以了解库的迁移，但没有看到推荐的过程

我认为有三种选择：

对所有非基本软件包运行

remove.packages（）

，然后通过

install.packages（lib=“/path/to/new/location”）

重新安装

使用

mv

移动库（目录），并使用符号链接指向新位置（并最终删除符号链接）

在Linux中使用

mv

命令在

R\u HOME/etc/Rprofile.site

中批量移动目录并更新

.Library.site

，如

选项1是直截了当的。选项2应该可行，但似乎有点不合理

#3安全吗？还是有严重问题？我发现的问题是：目录权限，以及任何包的设置都可能存储绝对路径而不是相对路径（这似乎不合理且不必要）

关于绝对路径的存储，我发现

rJava

将

R\u HOME

的位置存储在一个名为

run

的文件中。这本身不是一个库问题，但它是一个包（在这方面是一个好的包）保持绝对路径的私有副本的指示

（*）有几个库和许多包。当然，只移动库（目录），但包可能会受到影响

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更新1/澄清：只是澄清一下：我只是在迁移库，而不是更改R的版本或包的版本。更新R或包可以单独完成，但问题只是移动库是否可行。看起来，如果为了确保正确安装，需要更新或重新安装所有软件包，那么这条路径更类似于选项1，而不是选项3

更新2：关于如何在升级时避免此问题的一些好主意的答案。我没有升级R，但Dirk Eddelbuettel建议不要在R的文件树中安装程序包是明智的。

选项3（将旧库复制到新库）应该可以。。。但当且仅当您运行时：

update.packages(checkBuilt=TRUE)

以这种方式，需要为新版本重建的包将得到更新。通常情况下，新版本会添加需求（例如2.14.x中即将出现的名称空间需求）

编辑：看到这只是在躺椅上走动。。。。如果你要移动任何base R安装，我将不再支持#3。它在Mac上对我很有效，但我在R安装和管理指南或R常见问题解答中没有看到它应该有效的承诺。您可以通过以下顺序完成#1（在各种情况下可能最安全）：

# In original installation, get the non-default package list:
save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")
# If you want to use remove.packages() at this point it's fine. 
# Or just delete their directories.

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如果R可执行文件没有更改，只将包移动到新库可能会成功（假设您也更改了.libpath），但我没有Linux安装来测试它，也不知道配置操作设置的任何指针会受到什么影响。

结合已接受的答案，我发现了一个更简单的解决方案：

lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
remove.packages(to_install, lib="C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3")
install.packages(pkgs = to_install, lib="C:/Program Files/R/R-3.6.1/library")

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lib_loc不确定您到底想做什么，但您可能想看看这个问题及其相关内容。+1了解库和包之间的区别：-）@gsk3：我希望我修复了所有可能的此类错误。我不想因为这样一个术语问题而被粗暴对待。：）@Fred：+1-可移植性是一个不同的问题，但是，如果没有其他问题的话，关于可移植性的讨论&一个完全独立的安装让我意识到我应该保留所有的包源。如果我卸载并重新安装，那么确保版本相同就很简单了。谢谢，这很有趣。你能澄清三件事吗：（1）在“新版本需要重建”中提到版本，这是指R，对吗？（2） 如果（1）是正确的，那么如果包不需要重建（即，它比当前版本的R旧），会发生什么情况？（3） 当你说如果&仅当，我解释这意味着这是一个必要和充分条件。。。你真的是这个意思吗？：）如果是这样的话，那么我可能遗漏了一些原因。我并不反对，但这个选项对我来说是新的，我还不明白其中的逻辑。（1）是的，例如从R2.13.x更改为R2.14.x，其中x可以是0、1或2。据我所知，简单的行为复制可能会导致一个新的主要版本的功能包，例如从2.13更改为2.14，但这绝不能保证。所以我可能太直截了当了。“应该工作”意味着将检查包对版本的依赖性，如果不执行update.packages，则不会运行任何检查。然而，如果我只是移动目录而不是升级R，那么这会有任何好处吗？换言之，如果没有internet连接，那么这个方法似乎有问题。选项3不需要互联网连接，但选项1需要。然而，我现在意识到，如果我重新安装或大规模更新，我可能会从保留所有源代码中获益。这听起来是最安全的解决方案。此外，当我保存包源时，我可以提高所有内容都可复制的可能性。
lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
remove.packages(to_install, lib="C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3")
install.packages(pkgs = to_install, lib="C:/Program Files/R/R-3.6.1/library")