R 在读取和合并多个文件时向表中添加文件名列

我在一个文件夹中有几个.csv文件，它们的列名相同

我想合并它们，并将每个文件的名称添加为第一列

我试过了

filenames <- list.files(getwd(), full.names = FALSE, pattern = ".csv", recursive = TRUE)
sites <- str_extract(filenames, ".csv")  # same length as filenames

library(purrr)
library(dplyr)
library(readr)
stopifnot(length(filenames)==length(sites))  # returns error if not the same length
ans <- map2(filenames, sites, ~read_csv(.x) %>% mutate(id = .y))  # .x is element in filenames, and .y is element in sites

通过此操作，文件将被合并，但第一列是数字而不是文件名

像

我也试过了，但是说CHROM列是双数字和双字符的

customized_read_csv <- function(file){
    read_csv(file) %>%
        mutate(fileName = file)
}

list.files(full.names = TRUE) %>% # list all the files
    lapply(customized_read_csv) %>% # read them all in with our custom function
    reduce(bind_rows) %>% # stack them all on top of each other
    select(CHROM, fileName, N_VAF) %>% # select the correct columns
    pivot_wider(names_from = fileName, values_from = N_VAF) # and switch from "long format" to "wide format"

Error: Can't combine `..1$CHROM` <character> and `..13$CHROM` <double>.

有什么帮助吗

编辑

我的档案看起来

最后的文件看起来

> head(ans)
# A tibble: 6 x 10
     X1 CHROM     POS REF   ALT   T_ALT_COUNT N_REF_COUNT N_ALT_COUNT id     T_REF_COUNT
  <dbl> <chr>   <dbl> <chr> <chr>       <dbl>       <dbl>       <dbl> <chr>        <dbl>
1     1 chrM     8620 C     A            2161         607           1 LP200…          NA
2     2 chr1   983023 C     T               9          31           0 LP200…          NA
3     3 chr1  1205584 T     A               9          23           0 LP200…          NA
4     4 chr1  1495120 T     G               7          29           0 LP200…          NA
5     5 chr1  1772044 C     T              16          39           1 LP200…          NA
6     6 chr1  2302194 G     T              10          20           0 LP200…          NA
> 

我怎样才能避免这种情况呢？

您可以使用sub获取文件名。在某些文件中，CHROM列似乎是以数字形式读取的，我们可以显式地将其转换为字符。尝试：

library(dplyr)
library(purrr)

sites <- sub('\\.csv$', '', basename(filenames))

ans <- map2_df(filenames, sites, ~read_csv(.x) %>% 
                                   mutate(CHROM = as.character(CHROM), id = .y))

---

用站点替换站点感谢您的工作，如何将列表转换为数据框？现在我有了带有文件名的列名id，但我不知道如何将这个大列表转换为数据框使用map2_df而不是map2。谢谢map2_df给出了这个错误：无法组合CHROM和CHROM。很抱歉，在我的新数据中@Ronak Shah，因为我在每个文件的第一列中都有一个空列，在最终的统一文件中，我有一个空栏，请看我编辑的帖子。你能把这个作为一个新问题问吗？延伸的问题可能会让未来的读者感到困惑。谢谢。我问了一个新问题，请看一看

> head(ans)
# A tibble: 6 x 10
     X1 CHROM     POS REF   ALT   T_ALT_COUNT N_REF_COUNT N_ALT_COUNT id     T_REF_COUNT
  <dbl> <chr>   <dbl> <chr> <chr>       <dbl>       <dbl>       <dbl> <chr>        <dbl>
1     1 chrM     8620 C     A            2161         607           1 LP200…          NA
2     2 chr1   983023 C     T               9          31           0 LP200…          NA
3     3 chr1  1205584 T     A               9          23           0 LP200…          NA
4     4 chr1  1495120 T     G               7          29           0 LP200…          NA
5     5 chr1  1772044 C     T              16          39           1 LP200…          NA
6     6 chr1  2302194 G     T              10          20           0 LP200…          NA
> 

library(dplyr)
library(purrr)

sites <- sub('\\.csv$', '', basename(filenames))

ans <- map2_df(filenames, sites, ~read_csv(.x) %>% 
                                   mutate(CHROM = as.character(CHROM), id = .y))