如何在共享计算集群上调用R中的系统命令？

我试图从R脚本中调用系统命令。我想调用的系统命令是我作为模块加载到共享计算集群（使用singularity）上的软件的名称。我遇到的问题是，当我使用system命令时，软件无法运行

系统（U.R）只有一行：

system（'STAR'）

当然，如果我直接从shell调用该软件，它就会工作

hostname[2] STAR
Usage: STAR  [options]... --genomeDir /path/to/genome/index/   --readFilesIn R1.fq R2.fq
Spliced Transcripts Alignment to a Reference (c) Alexander Dobin, 2009-2020

• 如果我运行

  which STAR

  ，我会得到

  singularity exec/apps/singularity-3/STAR/STAR-2.7.5a--0.sif STAR$@

• 将

  system（'STAR'）

  替换为

  system（'singularity exec/apps/singularity-3/STAR/STAR-2.7.5a--0.sif STAR$@'）

  实际执行软件

• 用

  system（'which STAR'）

  替换

  system（'which STAR'）

  ，返回

  which:no STAR in（/bin:etc…）

• 使用

  system2（'STAR'）

  会给出

  sh:STAR:command not found

我只想使用

系统（'STAR'）

。我怎样才能做到这一点

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相关帖子没有回答：

你试过吗？系统（$（哪个星）怎么样？它接近您的第三个选项，但在命令中调用一个shell来计算并返回

哪个星

@JayAchar，这也不起作用。您是否将运行

系统（“echo$PATH”）

与从终端运行

echo$PATH

进行了比较？另外，可能还需要查看

.bashrc

或类似的内容（我没有奇点方面的经验）如果存在从

STAR

到

singularity exec的链接……

如果是这样，我认为R的

system（）

不是源

。bashrc

等。这意味着你要么手工获取，要么创建引用。

hostname[2] STAR
Usage: STAR  [options]... --genomeDir /path/to/genome/index/   --readFilesIn R1.fq R2.fq
Spliced Transcripts Alignment to a Reference (c) Alexander Dobin, 2009-2020