从for-loop-rentrez在数据帧中存储数据

我正在尝试使用

rentrez

包查找包含PubMed条目的SNP列表。当我运行下面的代码时，结果是一个空数据帧。我认为我没有正确地编写数据帧

library(rentrez)

term <- c('AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]',
'AKR1C2[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]')

p.snps <- for (i in seq_along(term)) {
  entrez_search(db="SNP",
                term = i,
                usehistory = "y"
                )
}

库（rentrez）
术语问题

有几个问题：


for
循环不返回值
entrez_search
的第二个参数应该是表示术语的字符串，但问题中的代码会传递一个数字
问题涉及数据帧，但返回数据帧的自然方式是一个
“esearch”
对象列表（尽管稍后可以进一步转换）

已更正的代码

试试这个：

p.snps <- vector(length = length(term), mode = "list")

for (i in seq_along(term)) {
  p.snps[[i]] <- entrez_search(db = "SNP", term = term[i], history = "y")
}
names(p.snps) <- term

给予：

     values                                                            ind
1  41314625 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
2  17344137 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
3  11548049 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
4   7097713 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
...etc...

如果您希望使用索引值（1，2，…）而不是查询字符串，请在
堆栈
语句之前运行此语句：

names(ids) <- seq_along(ids)

问题

有几个问题：


for
循环不返回值
entrez_search
的第二个参数应该是表示术语的字符串，但问题中的代码会传递一个数字
问题涉及数据帧，但返回数据帧的自然方式是一个
“esearch”
对象列表（尽管稍后可以进一步转换）

已更正的代码

试试这个：

p.snps <- vector(length = length(term), mode = "list")

for (i in seq_along(term)) {
  p.snps[[i]] <- entrez_search(db = "SNP", term = term[i], history = "y")
}
names(p.snps) <- term

给予：

     values                                                            ind
1  41314625 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
2  17344137 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
3  11548049 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
4   7097713 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
...etc...

如果您希望使用索引值（1，2，…）而不是查询字符串，请在
堆栈
语句之前运行此语句：

names(ids) <- seq_along(ids)

for
循环不存储结果。您可能会考虑< <代码> .pSN.<代码> 循环不存储结果。你可能会考虑<代码> P.SNP这正是我所要寻找的。我在想一个
sapply
或
lappy
方法可能是最好的。谢谢这正是我想要的。我在想一个
sapply
或
lappy
方法可能是最好的。谢谢