从R中的条形图中删除线

我使用RStudio为宏基因组数据创建了一个条形图

plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)

但我在酒吧里看到了线。我需要没有线的透明酒吧。怎么做

图书馆（“phyloseq”）；包装版本（“phyloseq”）

图书馆（“格式”）；包装版本（“格式”）

图书馆（“ggplot2”）；包装版本（“ggplot2”）

图书馆（“phyloseq”）；包装版本（“phyloseq”）

图书馆（“格式”）；包装版本（“格式”）

图书馆（“ggplot2”）；包装版本（“ggplot2”）

biom1=biomformat:：read_biom（biom_file=“otu_table.json.biom”）

mp0=import\u biom（biom1，parseFunction=parse\u taxonomy\u greengenes）

---

来自

phyloseq

软件包的税表（mp0）

绘图条使用
ggplot
进行绘图。通过在控制台中键入
plot\u bar
，可以查看
plot\u bar
的代码，这将产生：

function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
          facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

color=“black”
参数是导致黑线的原因。这是一个非常基本的条形图，您可以根据以下代码创建自己的函数：

library(phyloseq)

my_plot_bar = function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
                        facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

我试图用谷歌搜索你的绘图功能的名称，但没有找到任何东西。它来自哪里？如果这是您编写的函数，请显示代码和一些示例数据。如果这是程序包中的函数，请包含该程序包。假设您的函数使用ggplot，它是否包含以下语句：
geom\u bar（color=“black”）
？如果是这样，删除
color=“black”
将删除条形部分上的黑色轮廓。它使用Phyloseq软件包。
library(phyloseq)

my_plot_bar = function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
                        facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

my_plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)