未来的系统命令/Rshiny中的承诺

我在Shining应用程序中有下面的server.R代码，其中在future内部运行一个系统命令，该命令会给出一个

输出.vcf

文件。创建此文件后，将删除进度条，并运行第二个系统命令将

out.vcf

转换为

out.txt

系统命令的使用是因为R无法在32Gb机器上读取大型向量。因此，使用一些系统命令来处理数据

在第一个系统命令（即

out.vcf

中生成的输出必须呈现到

downloadHandler

），第二个命令

out.txt

的输出必须返回到

renderDataTable

server <- function(input, output, session) {
file_rows <- reactiveVal()

observeEvent(input$run, {
  prog <- Progress$new(session)
  prog$set(message = "Analysis in progress",
    detail = "This may take a while...",
    value = NULL)

  path <- input$uploadFile$datapath
  nrows <- input$nrows

  future({
    system(paste(
      "cat",
      input$uploadFile$datapath,
      "|",
      paste0("head -", input$nrows) ,
      ">",
      "out.vcf"
    ),
      intern = TRUE)
   read.delim("out.vcf")
  }) %...>%
    file_rows() %>%
    finally(~prog$close())
})



observeEvent(req(file_rows()), {
updateTabsetPanel(session, "input_tab", "results")
    rows_input <- file_rows()

    system(paste(
      "cat",
      rows_input,
      "|",
      paste(some system command"),
      ">",
      "out.txt"
    ),
      intern = TRUE)

##How could we render the content of "out.txt" from the above system command to datatable in the below code#######  
    output$out_table <-
      DT::renderDataTable(DT::datatable(
        out.txt,
        options = list(
          searching = TRUE,
          pageLength = 10,
          rownames(NULL),
          scrollX = T
        )
      ))

##How could we render the content of "out.vcf" from the first system command to downloadHandler in the below code#######    
output$out_VCFdownList <- downloadHandler(
      filename = function() {
        paste0("output", ".vcf")
      },
      content = function(file) {
        write.vcf("out.vcf from first system command ", file)
      }
    )
  })

有人能提出一个有效的方法吗？可能在

future（）

中运行两个系统命令，并将输出返回到

downloadHandler

和

renderDataTable

server <- function(input, output, session) {
file_rows <- reactiveVal()

observeEvent(input$run, {
  prog <- Progress$new(session)
  prog$set(message = "Analysis in progress",
    detail = "This may take a while...",
    value = NULL)

  path <- input$uploadFile$datapath
  nrows <- input$nrows

  future({
    system(paste(
      "cat",
      input$uploadFile$datapath,
      "|",
      paste0("head -", input$nrows) ,
      ">",
      "out.vcf"
    ),
      intern = TRUE)
   read.delim("out.vcf")
  }) %...>%
    file_rows() %>%
    finally(~prog$close())
})



observeEvent(req(file_rows()), {
updateTabsetPanel(session, "input_tab", "results")
    rows_input <- file_rows()

    system(paste(
      "cat",
      rows_input,
      "|",
      paste(some system command"),
      ">",
      "out.txt"
    ),
      intern = TRUE)

##How could we render the content of "out.txt" from the above system command to datatable in the below code#######  
    output$out_table <-
      DT::renderDataTable(DT::datatable(
        out.txt,
        options = list(
          searching = TRUE,
          pageLength = 10,
          rownames(NULL),
          scrollX = T
        )
      ))

##How could we render the content of "out.vcf" from the first system command to downloadHandler in the below code#######    
output$out_VCFdownList <- downloadHandler(
      filename = function() {
        paste0("output", ".vcf")
      },
      content = function(file) {
        write.vcf("out.vcf from first system command ", file)
      }
    )
  })

server试试这个简单的“高兴到高兴”转换器（和行号器）

这个闪亮的应用程序的目标是：给定一个文本文件，将所有出现的字符串
happy
（区分大小写）转换为
happy
。输入文件，用于演示：

This is a happy file.
It attempts to be very happy.

和示例应用程序，使用简单的两步命令过程

更新：我已对其进行了更新，以提供（1）进度和（2）每个文件的下载。如果您想禁用一个或另一个下载，请转到您

库（闪亮）
图书馆（未来）
图书馆（承诺）
计划（透明）
ui侧注：您可能应该在
系统中的变量参数周围使用
shQuote
。您是否需要返回read-in并实际返回
“out.vcf”
的内容，或者只返回文件名就足以表明其创建已完成？然后，您的第二次
系统
调用可以直接执行
“cat out.csv”…“
，而不是尝试
cat
格式不正确（用于shell工作）的输出？不需要返回
out.vcf
的内容，因为我无法编写表示完成的代码，我正在返回
out.vcf
的内容。这将是伟大的，可以这样做，使第二个系统命令可以直接读取文件。您是否计划添加一个最小的可复制的例子？你能解释一下downloadhandler的用途吗？（用户无法访问存储out.vcf的目录？）。闪亮应用程序在我们的本地服务器上运行，用户可以通过url使用该应用程序。因此，从第一个系统命令写入
out.vcf
的目录在物理上不可供用户浏览到磁盘，只能从downloadhandler检索文件。在上面的代码中，我使用了
read.delim（“out.vcf”）
在
out之后。创建vcf
以向
observeEvent
发出第一个系统命令完成的信号。然而，这是一种低效的方法，因为R利用最大RAM来存储R对象。理想情况下，按照@r2evans的暗示返回文件名，表明其创建已完成就足够了。这在技术上不是“文件创建时发出信号”，因为这可能意味着使用
shinny:：reactiveFileReader
。当然，这并不可怕，但我觉得轮询是不必要的，特别是当我们同时控制文件的创建和使用时
返回第二个系统命令的输出，而从第一个系统命令获取输出需要
downloadHandler
。我们如何像在OP中一样嵌入
未来的进度状态。如果您需要
outfile（）
指向文件1，那么。。。指向file1。我会编辑并展示我的意思。。。这只是一个指向你想要的文件的指针。我会尝试一下，然后接受答案！！你可以详细说明一下功能化，因为它可能对我的应用程序实现这些功能至关重要。