R 如何从矩阵中只保留一个高度相关的值？

我在这个网站上创建了我的相关矩阵（在标签LDmatrix下），下面粘贴了246个SNP 并加载了它：

calc.rho=read.table("ro246_matrix.txt")
calc.rho=data.matrix(calc.rho)

我想做的是从这个矩阵中只提取相关性小于0.8的对

我可以通过：

keeprows<-apply(calc.rho,1,function(x) return(sum(x>0.8)<3))
ro246.lt.8<-calc.rho[keeprows,keeprows]
ro246.lt.8[ro246.lt.8 == 1] <- NA
(mmax <- max(abs(ro246.lt.8), na.rm=TRUE))
[1] 0.566

或者这是一个更直接的可复制示例：

calc.rho<-matrix(c(0.903,0.268,0.327,0.327,0.327,0.582,
0.928,0.276,0.336,0.336,0.336,0.598,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638),ncol=6,byrow=TRUE)
rnames<-c("rs56192520","rs3764410","rs145984817","rs1807401",
"rs1807402","rs35350506")
rownames(calc.rho)<-rnames
cnames<-c("rs9900318","rs8069906","rs9908521","rs9908336",
"rs9908870","rs9895995")
colnames(calc.rho)<-cnames

---

calc.rho您的可复制示例不是真正的相关矩阵，因此我更愿意使用R amd中可用的数据集
mtcars
来制作相关矩阵。但您应该能够将其应用于数据集

数据（mtcars）
my_数据头（res2）
#一个tibble:6x3
核糖核酸酶
1英里每加仑1英里
2英里每加仑排量-0.848
每加仑马力3英里-0.776英里
每加仑4英里，阻力0.681
重量为5英里每加仑-0.868英里
6 mpg qsec 0.419

然后，您可以创建一个新的
列表
对象，该对象将同时包含
rnames
和
col

res4%rowwise（）%%>%do（i=sort（c（.$rnames，.$col）））
#这是res4的输出
>主管（res4）
i1 i2 i3 i4 i5 i6
“mpg”“mpg”“disp”“mpg”“hp”“mpg”

我们使用
res4
在
res2
中创建了一个名为
comparison
的新列，它将是
rnames
和
col
顺序的融合。我们将使用这个新列过滤行（使用
distinct
）最后，我们应用一个
过滤器
，只保留高于0.5的值（但如果需要，可以执行0.8），并删除等于1的值（自比较）

res2%>%
突变（比较=0（res4[seq（1，长度（res4），by=2）]，res4[seq（2，长度（res4），by=2）]）%>%
不同（比较，.keep_all=T）%>%
过滤器（Corr>0.5&Corr！=1）

这是最终输出

#一个tible:4 x 4
核糖核酸酶
1英里每加仑0.681英里每加仑
2显示马力0.791显示马力
3显示重量0.888显示重量
4马力重量0.659马力重量

也许有更简单的方法可以获得相同的输出，但至少这一种方法应该适用于您的数据。
请创建一个最小的可复制示例。共享一个10x0或15x15的相关矩阵，足够大，足以说明问题，您会更快地得到帮助。谢谢！我粘贴了矩阵的一个线程。有其他方法吗这个？我又增加了一个例子这个过程可能会使你的结果变得不可靠，但是有了这个警告，你可以一次处理一个变量，例如（colSums（calc.rho）显示rs9900318与其他变量的平均相关性最高。删除它并重新计算相关矩阵。在相关矩阵中，不再存在超过0.8的任何相关性。
calc.rho<-matrix(c(0.903,0.268,0.327,0.327,0.327,0.582,
0.928,0.276,0.336,0.336,0.336,0.598,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638,
0.975,0.309,0.371,0.371,0.371,0.638),ncol=6,byrow=TRUE)
rnames<-c("rs56192520","rs3764410","rs145984817","rs1807401",
"rs1807402","rs35350506")
rownames(calc.rho)<-rnames
cnames<-c("rs9900318","rs8069906","rs9908521","rs9908336",
"rs9908870","rs9895995")
colnames(calc.rho)<-cnames