如何将igraph对象转换和配置为JSON

我使用了

d3r

包将

igraph

对象转换为JSON格式，如下所示：

# create small world network    
net <- sample_smallworld(size = 8, dim = 1, nei = 1, p = 0.33) 

# convert to json with directional edges   
data_json <- d3_igraph(as.directed(net)) 

这几乎就是我想要的，但我需要配置两件事：

我希望节点ID从1开始，而不是从0开始

我想删除链接中节点ID周围的引号（引号与nodes元素中的引号一样好），这样每个链接都是这样写的

{“source”：1，“target”：2}

，而不是

{“source”：“1”，“target”：“2”}

---

当然，对于这样的小型网络，我可以手动完成这项工作，但对于大型网络来说，这既繁琐又不可扩展。有没有更好的方法可以做到这一点，那就是

R

？

将json转换为R列表并在回写json之前对数据进行必要的更改非常简单。下面是一个函数，它应该使用

jsonlite

软件包中的工具来完成

d3\u igraph

的输出：

fix_d3_json <- function(json)
{
  dj <- jsonlite::fromJSON(data_json)
  dj$nodes$id   <- as.numeric(dj$nodes$id) + 1
  dj$links[[1]] <- as.numeric(dj$links[[1]]) + 1
  dj$links[[2]] <- as.numeric(dj$links[[2]]) + 1
  jsonlite::toJSON(dj)
}

fix_d3_json{“name”：[“Watts Strogatz random graph”]，“dim”：[1]，“size”：[8]，“nei”：[1]，
#>“p”：[0.33]，“循环”：[false]，“多个”：[false]}

1。在制作JSON之后，您不能只向每个ID添加1吗？是的，这是我想做的，但是如何做呢？一种可能是直接使用igraph编辑节点ID。可能是使用set_vertex_attr（“id”，value=1:8），我尝试了

net%set_vertex_attr（“id”，value=c（1:8））

，但结果并不理想。虽然您的输出看起来完全正确，但我必须在函数中做一个小小的更改，才能让我完成这项工作：

fix\u d3\u json
fix_d3_json <- function(json)
{
  dj <- jsonlite::fromJSON(data_json)
  dj$nodes$id   <- as.numeric(dj$nodes$id) + 1
  dj$links[[1]] <- as.numeric(dj$links[[1]]) + 1
  dj$links[[2]] <- as.numeric(dj$links[[2]]) + 1
  jsonlite::toJSON(dj)
}

library(igraph)
library(d3r)

# create small world network    
net <- sample_smallworld(size = 8, dim = 1, nei = 1, p = 0.33) 

# convert to json with directional edges   
data_json <- d3_igraph(as.directed(net))

# Fix json
data_json <- fix_d3_json(data_json)

data_json
#> {"nodes":[{"id":1},{"id":2},{"id":3},{"id":4},{"id":5},{"id":6},{"id":7},
#> {"id":8}],"links":[{"source":1,"target":6},{"source":1,"target":2},
#> {"source":2,"target":3},{"source":3,"target":4},{"source":2,"target":6},
#> {"source":3,"target":6},{"source":6,"target":7},{"source":1,"target":7},
#> {"source":6,"target":1},{"source":2,"target":1},{"source":3,"target":2},
#> {"source":4,"target":3},{"source":6,"target":2},{"source":6,"target":3},
#> {"source":7,"target":6},{"source":7,"target":1}],"attributes":
#> {"name":["Watts-Strogatz random graph"],"dim":[1],"size":[8],"nei":[1],
#> "p":[0.33],"loops":[false],"multiple":[false]}}