用FME-ODE模型拟合R

我有一个ODE方程系统，我正试图将其与生成的数据、合成数据或实验室数据相适应。我感兴趣的最终产品是参数及其估计误差。我们将R包

FME

与

modCost

和

modFit

一起使用。例如，ODE系统可定义为：

eqs <- function (time, y, parms, ...) {
  with(as.list(c(parms, y)), {
     dP <- k2*PA - k1*A*P  # concentration of nucleic acid
     dA <- dP  # concentration of free protein
     dPA <- -dP
list(c(dA,dP,dPA))
}
}

我用

parms

向量设置了一些初始条件，然后用

fit <- modFit(f = cost, p = parms, data = dat, weight = "std", 
    lower = rep(0, 8), upper = c(600,100,600,0.01,0.01), method = "Marq")

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fit我不明白你的意思。您只需使用：

summary(fit) 

查看标准错误
 如果这没有如您所期望的那样工作，那么您需要发布数据和任何错误报告。有关详细说明，请参阅软件包小插曲或以下文章：
summary(fit)