读取以“开始”开头的远程文件；smb:/“；使用R

要在

R

中读取文件，我通常会执行以下操作：

read.csv('/Users/myusername/myfilename.csv')

read.csv('smb://server.msu.edu/.../myfilename.csv')

但是，我正在尝试读取位于远程服务器（Windows SMB/CIFS共享）上的文件，我可以通过Finder在Mac上访问该文件→ 去→ “连接到服务器”菜单项

当我查看该文件的属性时，文件路径与我以前使用的不同。它不是以：

/Users/myusername/…

开头，而是

smb://server.msu.edu/.../myfilename.csv

尝试读取文件时，我尝试了以下操作：

read.csv('/Users/myusername/myfilename.csv')

read.csv('smb://server.msu.edu/.../myfilename.csv')

但是，这不起作用

返回的不是通常的“无此类文件或目录”错误，而是：

smb://server.msu.edu/.../myfilename.csv 当前工作目录中不存在

我想象文件路径需要不同的格式，但我不知道是什么

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如何在

R

中读取此类文件？

SMB是Windows网络文件夹协议

类似的例子包括

sftp://

url

您可以：

在操作系统中装入文件夹，并使用常规路径访问它

使用虚拟文件系统库，例如Linux上的GVFS/GIO。也许有一些R包装器可以使用

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下面我展示了一种从SMB网络驱动器读取数据的方法。在下面的代码中，我使用了R

system

功能从R中执行所有操作，但您也可以从OSX命令行或使用command-K（连接到服务器）从Finder中装载驱动器：

如果您还没有，请在本地驱动器上创建共享所在的目录（这不是必需的，因为您可以在现有位置装载驱动器）：

或

将网络驱动器装入刚刚创建的文件夹。在下面的代码中，

//username@domain.address.edu/home/u/eipi10

是您的用户名和SMB共享的地址

system("mount_smbfs //username@domain.address.edu/home/u/eipi10 /Users/eipi10/temp_share")

如果有密码验证，则还可以包括密码：

system("mount_smbfs //username:password@domain.address.edu/home/u/eipi10 /Users/eipi10/temp_share")

读取数据：

dat = read.csv("/Users/eipi10/temp_share/fileToRead.csv")

在R中，您还可以通过编程方式选择要读取的文件：

data.list = lapply(list.files(pattern="csv$", "/Users/eipi10/temp_share/", full.names=TRUE), read.csv)

解释

smb://educ-srvmedia1.campusad.msu.edu/...

实际上是一个URL而不是文件路径

我们来分析一下

smb://

表示使用（文件共享）

educ-srvmedia1.campusad.msu.edu

是服务器的名称

/…/myfilename.csv

是远程服务器上的文件共享/路径

您可以使用OSX上的Finder导航到此目录，因为它内置了对SMB协议的支持。Finder使用URL连接到远程服务，并允许您浏览文件

但是

R

不了解SMB协议，因此无法正确解释文件路径

R

函数

read.csv（）

在内部使用

file（）

，请参阅

url和文件支持url方案文件：//、http://、https://和ftp://

因此R返回“找不到文件”消息，因为该协议不受支持，所以找不到该文件。是的，有点混乱

修理 您需要在本地文件系统上装载文件共享

所有这一切意味着SMB协议的细节将由操作系统在幕后处理，文件共享将显示为本地目录

这将允许R（和其他程序）像处理任何其他本地文件一样，出于所有目的处理远程文件。 显示了执行此操作的一些选项

e、 g

然后在R中：

read.csv('/LocalFolder/myfilename.csv')

额外的 Windows用户可以通过UNC路径更轻松地完成此任务

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在我看来，有两种方法可以实现你的目标

• 第一种方法是使用fstab将远程文件夹添加为本地磁盘

• 第二种方法是在需要时将远程文件夹临时挂载为文件夹

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下面，我将解释如何实现第二种方法

• 创建本地目录：

  mkdir

• 使用以下命令行将远程目录装载到本地目录：

  sshfs:SSH的
  
  或（首先安装cifs util:
  sudo apt get安装cifs util
  ）
  
  mount-t cifs-o用户名=，密码=//
  用于SMB
  

• 使用本地文件执行此操作

• 最后，使用此命令卸载：

  fusermount-u

TL；DR
下面是一种使用cURL的可移植方法，它不需要安装远程文件系统：

> install.packages("curl")
> require("curl")
> handle <- new_handle()
> handle_setopt(handle, username = "domain\\username")
> handle_setopt(handle, password = "secret") # If needed
> request <- curl_fetch_memory("smb://host.example.com/share/file.txt", handle = handle)
> contents <- rawToChar(request$content)

上面的命令从远程服务器host.example.com读取并输出（到STDOUT）file.txt的内容，并作为域上的指定用户进行身份验证。如果需要，该命令将提示我们输入密码。如果我们的网络不使用域，我们可以从用户名中删除域部分
系统调用
我们可以通过以下方式在R中实现相同的功能：
注意

domain\\username

中的双反斜杠。这将转义反斜杠字符，以便R不会将其解释为字符串中的转义字符。通过将

system（）

函数的

intern

参数设置为

TRUE

，我们可以将命令输出中的文件内容捕获到变量中：

contents <- system("curl -u 'domain\\username' 'smb://host.example.com/share/file.txt'", intern = TRUE)

如果远程服务器需要，curl命令仍然会提示我们输入密码。虽然我们可以使用

-u'domain\\username:password'

指定密码以避免出现提示，但这样做会在命令字符串中公开纯文本密码。要获得更安全的方法，请阅读下面描述包用法的部分
我们还可以将

-s

或

--silent

标志添加到curl命令以支持

> stream <- curl("smb://host.example.com/share/file.txt", handle = handle)
> contents <- read.csv(stream)

$ curl -u 'domain\username' 'smb://host.example.com/share/file.txt'

system("curl -u 'domain\\username' 'smb://host.example.com/share/file.txt'")

contents <- system("curl -u 'domain\\username' 'smb://host.example.com/share/file.txt'", intern = TRUE)

contents <- system2('curl', c("-u", "domain\\\\username", "smb://host.example.com/share/file.txt"), stdout = TRUE)

install.packages("curl")
require("curl")

handle <- new_handle()
handle_setopt(handle, username = "domain\\username")
handle_setopt(handle, password = "secret") # If needed
request <- curl_fetch_memory("smb://host.example.com/share/file.txt", handle = handle)
content <- rawToChar(request$content)

handle = new_handle()
...
stream <- curl("smb://host.example.com/share/file.txt", handle = handle)
contents <- read.csv(stream)