R 使用ggplot2将点添加到绘图

这是我的数据集的前9行（54行中的前9行）和前8列（1003列中的前8列）

 stream n rates     means          1         2         3         4
 1   Brooks 3   3.0 0.9629152 0.42707006 1.9353659 1.4333884 1.8566225
 2  Siouxon 3   3.0 0.5831929 0.90503736 0.2838483 0.2838483 1.0023212
 3 Speelyai 3   3.0 0.6199235 0.08554021 0.7359903 0.4841935 0.7359903
 4   Brooks 4   7.5 0.9722707 1.43338843 1.8566225 0.0000000 1.3242210
 5  Siouxon 4   7.5 0.5865031 0.50574543 0.5057454 0.2838483 0.4756304
 6 Speelyai 4   7.5 0.6118634 0.32252396 0.4343109 0.6653132 2.2294652
 7   Brooks 5  10.0 0.9637475 0.88984211 1.8566225 0.7741612 1.3242210
 8  Siouxon 5  10.0 0.5804420 0.47501800 0.7383634 0.5482181 0.6430847
 9 Speelyai 5  10.0 0.5959238 0.15079491 0.2615963 0.4738504 0.0000000

下面是一个简单的绘图，我使用

means

列中的值绘制了所有流名为Speelyai（18）的行

平均值列是通过取整行的平均值来计算的。每列代表1个模拟。所以，平均值列是1000次模拟的平均值。我还想在绘图上绘制实际模拟值。我认为，不仅要绘制平均值（用一条线），而且要将“原始”数据（模拟）显示为点，这将是有益的。我知道我可以使用

geom_point（）

，但不确定如何获取流名称为“Speelyai”的任何行的所有点

谢谢

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正如你所看到的，比例是非常不同的，这是我假设的，因为这些点是模拟的结果，或者是原始数据的重采样。但是，我怎样才能在我的原始图像上覆盖这些点，以保持视觉内容？在这张图中，线条看起来几乎是平的，但在我的原始图像中，我们可以看到它波动很大，只是在小范围内…

我建议将数据重新格式化为长格式，而不是宽格式。例如：

library("tidyr")
library("ggplot2")
my_data_tidy <- gather(my_data, column, value, -c(stream, n, rates, means))
ggplot(subset(my_data_tidy, stream == "Speelyai"), aes(rates, value)) +
  geom_point() +
  stat_summary(fun.y = "mean", geom = "line")

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同意@NickKennedy的观点，从宽到长重塑数据是一个好主意：

library(reshape)
x2<-melt(x,id=c("stream","n","rates"))
x2<-x2[which(x2$variable!="means"),] # this eliminates the entries for means

然后将调用更改为

geom_point

：

df2 <- data.frame(stream=c('Brooks', 'Siouxon', 'Speelyai'), 
      value=c(0.944062036, 0.585852702, 0.583984402), stringsAsFactors=FALSE)
x2$error <- x2$value-df2$value[match(x2$stream, df2$stream)]    

geom_point(data=x2[x2$stream=="Speelyai",],aes(rates,error))

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我懂了。我想你的第一个ggplot代码计算平均值不是什么大不了的事，它仍然应该得到相同的值。生成的图像看起来与我最初发布的图像大不相同。我不知道如何将该图像添加到此评论中以向您展示。如何不同？在没有看到完整数据的情况下很难进行检查，尽管现在绘制了18000个点。您可能需要使用

alpha

使绘图可用。请注意，即使绘制错误，y范围仍将足够大（约4个单位）以平滑均值曲线（我理解您希望显示为急剧变化），但“您无法隐藏事实”；）是的，你是对的！这和问题所在的范围是一样的。。。。啊！我不知道该怎么办。。。。

library(ggplot2)
p<-ggplot(means.sp,aes(rates,mean.stream))+geom_line()

p<-p+geom_point(data=x2[x2$stream=="Speelyai",],aes(rates,value))

df2 <- data.frame(stream=c('Brooks', 'Siouxon', 'Speelyai'), 
      value=c(0.944062036, 0.585852702, 0.583984402), stringsAsFactors=FALSE)
x2$error <- x2$value-df2$value[match(x2$stream, df2$stream)]    

geom_point(data=x2[x2$stream=="Speelyai",],aes(rates,error))