R 用意义替换数据文件中的本体代码

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我在使用R方面是个新手。我面临一个问题,我在收集数据时使用了本体代码(ICD-10、NCBITaxon和CHEBI)

我的数据格式很长:

   ID    Disease  Organism        Antibiotic 
1  654   N18.0    NCBITaxon:1280  CHEBI:8232 
2 1122   C92.0    NCBITaxon:28037 CHEBI:43968 

如何用相应的含义替换编码的本体?

我不是专家,所以我不知道我的建议是否有用。R是一个很大的社区,因此有许多创建包的计划。这两个包我可以帮助你。我认为,要获得更有用的帮助,你应该自己搜索一下,当你有足够的问题时,我们可以回答。目前,我能给你的唯一建议是上面的套餐:

install.packages('icd')

library('icd')
library(magrittr)
如需更多帮助,请查看

有关分类单元,请参见:

给车比看看


我希望这能有所帮助。

这里有一个基于@Rémi Coulau提供的部分解决方案<代码>代码数据%>%突变(疾病名称=icd::解释代码(疾病))
install.packages( "taxize")
library(taxize)
genbank2uid(id = 1280)
genbank2uid(id = 28037)