如何在R中绘制拷贝数变化曲线？

我试图在R中绘制一个拷贝数变化曲线图。这是我正在寻找的，但是我的数据中有所有的单元格

倍性在Y轴上，染色体数目在X轴上

这是我的数据，这是我到目前为止尝试过的，但它没有给我我想要的

input <- data.frame(chrom = sample("chr1"),start = sample(c(780000, 2920000, 4920000)), stop=sample(c(2920000, 4920000, 692000)), cell0=sample(1), cell1=sample(1,3,1),cell2=sample(2,1,2)

这里有一个指向整个文件的链接

当我运行答案中的代码时，这就是我得到的结果。我希望所有的染色体都能像上面的图一样是水平的

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我们可以使用

facet\u wrap

将每个

chrom

并排放置。我使用了一堆格式化变量使绘图看起来像上面显示的那样。我还用两个

chrom

制作了自己的数据，以便更好地进行说明。看看下面

read.table（text=“色度开始停止单元0单元1单元2
chr1 780000 2920000 2
chr1 2920000 4920000 1 2 3
chr1 4920000 6920000 2 3 2
chr2 480000 1920000 1 2 3
chr2 1920000 2920000 2
chr2 2920000 3920000 1 3“，标题=T）->输入

库（ggplot2）
图书馆（tidyr）
输入%>%
枢轴长度（c（启动、停止））%>%
ggplot（，aes（x=值，y=作为因子（单元格0），组=1L））+
几何点（颜色=“灰色”）+
小平面包裹（~chrom，strip.position=“bottom”，scales=“free_x”）+
几何图形线（颜色=“#00AFBB”，尺寸=1）+
主题_bw（）+
主题（panel.spacing.x=单位（0，“线”），
面板间距y=单位（0，“线”），
axis.title.x=元素_blank（），
axis.text.x=元素_blank（），
axis.ticks.x=元素_blank（），
strip.background=元素（color=“black”，fill=“white”））+
比例x连续（展开=c（.01，0））+
比例y离散（“倍性”，扩展=c（.3.3））+
ggtitle（“细胞_596，2Mb再着色，平均倍性3.04”）

整个数据的更新解决方案 我添加了另一个列来说明这如何适用于两个

cell

列。然而，这将是非常拥挤的情节

#输入%
突变（单元1=单元0+
sample.int（1417，replace=T）*样本（c（-1,1），1417，replace=T））%>%
pivot_更长（c（开始、停止），名称_to=“步骤”，值_to=“时间”）%>%
轴心长度（c（单元格0，单元格1），名称到“单元格”，值到“倍性”）%>%
ggplot（数据=，aes（x=时间，y=因子（倍性），组=细胞））+
几何点（aes（颜色=单元））+
镶嵌面包裹（~chrom，strip.position=“bottom”，scales=“free_x”，nrow=1）+
几何线（aes（颜色=单元格），尺寸=1，α=0.5）+
主题_bw（）+
比例x连续（展开=c（.01，0））+
比例y离散（“倍性”，扩展=c（.1.1））+
主题（panel.spacing.x=单位（0，“线”），
面板间距y=单位（0，“线”），
axis.title.x=元素_blank（），
axis.text.x=元素_blank（），
axis.ticks.x=元素_blank（），
strip.background=元素（color=“black”，fill=“white”），
panel.grid.major=元素_blank（），
panel.grid.minor=元素_blank（），
panel.background=元素_blank（），
轴线=元素线（颜色=“黑色”），
plot.title=元素\文本（hjust=0.5））+
ggtitle（“细胞_596，2Mb再着色，平均倍性3.04”）

最后更新：

库（ggplot2）
图书馆（tidyr）
图书馆（dplyr）
图书馆（stringr）
输入%>%
pivot_更长（c（开始、停止），名称_to=“步骤”，值_to=“时间”）%>%
突变（色度=因子（色度，级别=str_排序（唯一（色度），数值=T））%>%
ggplot（数据=，aes（x=时间，y=作为系数（单元格0），组=1L））+
几何点（颜色=“灰色”，尺寸=0.5）+
几何图形线（颜色=“#00AFBB”，尺寸=1，α=0.5）+
面_包裹（~as.因数（色度），
strip.position=“bottom”，scales=“free_x”，nrow=1）+
主题_bw（）+
比例x连续（展开=c（.01，0））+
比例y离散（“倍性”，扩展=c（.1.1））+
主题（panel.spacing.x=单位（0，“线”），panel.spacing.y=单位（0，“线”），
axis.title.x=元素_blank（），
axis.text.x=元素_blank（），
axis.ticks.x=元素_blank（），
strip.background=元素（color=“black”，fill=“white”），
panel.grid.major=元素_blank（），
panel.grid.minor=元素_blank（），
panel.background=元素_blank（），
轴线=元素线（颜色=“黑色”），
plot.title=元素\文本（hjust=0.5））+
ggtitle（“细胞_596，2Mb再着色，平均倍性3.04”）

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由（v0.3.0）于2019-12-10创建。

欢迎使用堆栈溢出！你应该提供一份报告。请勿复制/粘贴您的数据或将其作为图片插入。谢谢！有没有办法将单元格0、单元格1和单元格2全部绘制在同一个绘图中？当我在整个文件中运行该代码时，它会将不同的染色体（我有24条）堆叠在一起。我怎样才能确保它们都是水平排列的呢？谢谢！我将如何更改您刚才添加的代码，使其成为单元格0？