ggpubr ggbarplot用奇异的X值绘制

我有以下使用CSV的代码

library(ggpubr)
library(ggsci)
df = read.csv2("file.csv", row.names=1)
# Copy df
df2 = df
# Convert the cyl variable to a factor
df2$perc <- as.factor(df2$perc)
# Add the name colums
df2$name <- rownames(df)
ggbarplot(df2, x = "name", y = "perc",
          fill = "role",               # change fill color by cyl
          color = "white",            # Set bar border colors to white
          palette = "npg",            # jco journal color palett. see ?ggpar
          sort.val = "asc",          # Sort the value in dscending order
          sort.by.groups = FALSE,     # Don't sort inside each group
          x.text.angle = 0,           # Rotate vertically x axis texts
          rotate = TRUE,
          label = TRUE, label.pos = "out",
          #label = TRUE, lab.pos = "in", lab.col = "white",
          width = 0.5
)

这一情节是由谁造成的

有两件事我不明白：

1） 为什么每个条的x轴刻度与绘制的实际值相对应？我的意思是为什么x轴不是从0到8，在我看来应该是这样。我希望我的解释正确

---

2） 标签值似乎与y厚度不对齐。我是否缺少一个选项？

老实说，我可能不会在这里使用

ggpubr

。保持ggplot语法通常更安全。也可以说是更少的代码。。。 （此外，如用户teunbrand所评论的，在这种情况下不要使用因子）

单杠有两个不错的选择：

库（tidyverse）
图书馆（GGSTANTE）
图书馆（ggsci）

选项1-使用坐标翻转

ggplot（df2，aes（fct_重新排序（基因，perc），perc，fill=role））+
geom_col（）+
几何图形文本（aes（标签=perc），hjust=0）+
比例尺(填充)(npg)+
坐标翻转（ylim=c（0100））+
主题(经典)+
主题（legend.position='top'）+
实验室（x=基因，y=百分比）

选项2-使用ggstance软件包 我更喜欢选项2，因为使用GGSTANTE允许与其他绘图进行更灵活的组合

ggplot（df2，aes（perc，fct_-reorder（genes，perc），fill=role））+
geom_colh（）+
几何图形文本（aes（标签=perc），hjust=0）+
比例尺(填充)(npg)+
坐标笛卡尔（xlim=c（0100））+
主题(经典)+
主题（legend.position='top'）+
实验室（x=基因，y=百分比）

由（v0.3.0）于2020年3月27日创建

数据

df2 <- read_delim("genes;perc;role
GATA-3;7,9;confirmed in this cancer
CCDC74A;6,8;prognostic in this cancer
LINC00621;6,1;none
POLRMTP1;4,1;none
IGF2BP3;3,2;confirmed in this cancer", ";") %>% rownames_to_column("name")

df2%rownames\u to\u列（“名称”）

对于（1）：您的x变量可能是一个因素吗？连续x标度最适合数字数据真的，df2$perc感谢这两个选项，这些看起来很优雅。fct_重新排序错误（基因，perc）：找不到函数“fct_重新排序”。我这里有一个很好的问题。错误：loadNamespace（i，c（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck=vI[[i]]）中的“tidyverse”的包或命名空间加载失败：命名空间“rlang”0.4.0已加载，但>=0.4.5已加载required@BenoitB. 也许是时候更新你的软件包了？fct_重新订购已经有相当一段时间了。。。如果不能使用此方法，请使用经典的

因子（x，levels=…）

方法

df2 <- read_delim("genes;perc;role
GATA-3;7,9;confirmed in this cancer
CCDC74A;6,8;prognostic in this cancer
LINC00621;6,1;none
POLRMTP1;4,1;none
IGF2BP3;3,2;confirmed in this cancer", ";") %>% rownames_to_column("name")