如何在多个文件上执行R脚本，并将每个文件的输出放在一个csv文件中？

我正在做一些建模分析，我想绘制一段时间内单元类型1和单元类型2之间的边界长度

以下是我迄今为止所做的工作：

在基于python的模拟中，每100个蒙特卡罗步骤生成一个输出，通过为每个x坐标和y坐标提供单元标识单元id[总共400个单元]和单元类型[1或2]，指定单元晶格的外观。我有大约1000个这样的文件列，其中包含cell_id、cell_类型、x坐标和y坐标，每100个MCS有10.000行，所有文件都位于同一个地图中

生成一个R脚本，该脚本专门计算一个输出文件的单元格类型1和单元格类型2之间的边界长度。脚本的输出只是一个数字：特定文件/时间点的边界值，称为CellBoundary

我现在想做的是： R脚本只适用于一个文件。但是，当我模拟多达100.000个MCS时，我有多达1000个文件。我想根据时间绘制R脚本的输出。因此，我想生成一些代码，让R找到这1000个文件，自动一个接一个地运行它们，然后将输出存储在一个新的csv文件中，该文件只有两列：MCS和boundary length

到目前为止，我尝试的是： 我对这一切都很陌生，所以我有点被卡住了。然而，我研究了bash脚本和标准输入。 那么，如果我将1000个文件压缩成一个Zip文件，并将其用作R的标准输入，然后生成所需的1000个数据值，这样我就可以简单地绘制它，这有可能吗？ 通过执行如下操作：cat compressed_files | boundarycalculation.R？我已经尝试过一些简单的例子，输入文件a b c d和R脚本说打印行，但它说： cat输入|测试.R cat:input:没有这样的文件或目录 那么，这到底是正确的做法，还是我应该寻找完全不同的东西

顺便说一句，这些是我的R脚本的一部分，如果我希望每次运行脚本时PIF文件都是不同的，那么可能会有任何用处：

# read file to a data frame
pixelDf <- read.delim("mcs_000000.pif", header = FALSE) 
# remove columns with only example values 
pixelDf <- pixelDf[, -(7:14)] 
# convert data frame to data table 
pixelDt <- data.table(pixelDf)
# set column names
setnames(pixelDt, c("cell_id", "cell_type", "x", "y"))

.....

# index horizEdgeDt with the key of vertEdgeDt (cell_id) to get both columns
# in one place, and add up the edges
cellDt <- horizEdgeDt[vertEdgeDt,.(cell_type,perimeter = numHorizEdges + numVertEdges)]

cellBoundary <- cellDt$boundary[cellDt$cell_type=="1"]
cellBoundary

在脚本的末尾，根据一个文件的输出，为每一行生成一个新的csv。 但是，这会产生以下错误：

There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In write.csv(outputTable, "Output.csv", append = TRUE,  ... : 
attempt to set 'append' ignored
2: In write.csv(outputTable, "Output.csv", append = TRUE,  ... : 
attempt to set 'append' ignored
etc

---

write.csv有一个append参数。正如hrbrmstr所建议的，write.csv会为您节省一些时间和麻烦。谢谢！实际上，我一开始确实合并了它，所以它为每个输入文件生成了一个输出文件。它是这样的：“write.csvoutputable，row.names=FALSE，quote=FALSE，file=Output.csv”，所以现在我用append函数尝试了这一点，并在我的R脚本末尾添加了类似的内容。”write.csvouttable，Output.csv，append=TRUE，row.names=FALSE，quote=FALSE'但是，这会产生以下错误：'In write.csvouttable，Output.csv，append=TRUE，…：尝试设置“append”忽略。您可能会收到警告，因为该文件不存在，因此无法向其添加任何内容。但是，在第一次调用导致警告后，应该创建该文件，这样就不应该出现第二次警告。。。不过我没有看完你的剧本，所以我可能错过了一些东西…谢谢，我现在就修好了！问题不是文件不在那里，而是我显然无法将append分配给write.csv函数。所以，我用write.tableCellPermiture，file=Output.csv，append=TRUE，col.names=FALSE，row.names=FALSE，quote=FALSE解决了这个问题，这实际上正是我想要的！

# read file to a data frame
pixelDf <- read.delim("mcs_000000.pif", header = FALSE) 

pixelDf <- read.delim("fileName", header = FALSE) 

write.csv(outputTable, "Output.csv", append = TRUE, row.names = FALSE, quote = FALSE) }

There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In write.csv(outputTable, "Output.csv", append = TRUE,  ... : 
attempt to set 'append' ignored
2: In write.csv(outputTable, "Output.csv", append = TRUE,  ... : 
attempt to set 'append' ignored
etc