R函数pd()-不同的树,相同的丰富度?

R函数pd()-不同的树,相同的丰富度?,r,phylogeny,R,Phylogeny,我在R中使用了pd()函数两次: 两次我都使用了相同的数据社区矩阵。但供应的树是不同的。我想找出依赖于不同树的样本的alpha多样性(数据的不同聚类) pd()生成一个包含样本、信仰多样性pd和物种丰富度SR的数据帧。在这两种情况下,pd不同,但SR相同 使用pd()后,SR保持相同的总体原因是什么。当信念多样性(即分支长度之和)不同时,丰富度(即被占据的簇)也应该不同。但事实并非如此,正如我解释的那样 我知道我应该想出一个reprex,但我不能复制这个案例。我很想得到一些一般性的建议。也许有人

我在R中使用了
pd()
函数两次:

两次我都使用了相同的数据社区矩阵。但供应的树是不同的。我想找出依赖于不同树的样本的alpha多样性(数据的不同聚类)

pd()
生成一个包含样本、信仰多样性pd和物种丰富度SR的数据帧。在这两种情况下,pd不同,但SR相同

使用
pd()
后,SR保持相同的总体原因是什么。当信念多样性(即分支长度之和)不同时,丰富度(即被占据的簇)也应该不同。但事实并非如此,正如我解释的那样

我知道我应该想出一个reprex,但我不能复制这个案例。我很想得到一些一般性的建议。也许有人也有同样的经历