如何将过滤后的多态性站点（fasta格式）转换为R中的二进制矩阵？
提前感谢您的帮助 我想从过滤的多态站点创建一个二进制矩阵。我有fasta格式的WGS程序集，每个隔离序列一个文件（总共131个fasta文件） 例如，fasta文件包含x个元素，每个元素的长度不同。使用软件包seqinr，读取文件，如下所示，节点数量对应于每个文件中的元素数量如何将过滤后的多态性站点（fasta格式）转换为R中的二进制矩阵？,r,fasta,binary-matrix,R,Fasta,Binary Matrix,提前感谢您的帮助 我想从过滤的多态站点创建一个二进制矩阵。我有fasta格式的WGS程序集，每个隔离序列一个文件（总共131个fasta文件） 例如，fasta文件包含x个元素，每个元素的长度不同。使用软件包seqinr，读取文件，如下所示，节点数量对应于每个文件中的元素数量 fasta1$Node_1_length_179262_cov_53.4208_ID_3720:Class'SeqFastadna'a t c。。。 fasta1$Node_2_length_151612_cov_41.7
fasta1$Node_1_length_179262_cov_53.4208_ID_3720:Class'SeqFastadna'a t c。。。 fasta1$Node_2_length_151612_cov_41.7317_ID_3726:Class'SeqFastadna'a t t 我还有一份excel文档，其中包含筛选出的多态位点（wgMLST分析中发现的多态位点，所有位点都被筛选出）（由Gubbins执行）。 e、 g.分离物1:CGTGAGCGCGG-AGCCAAGGTCAGGTGCGGTCGCTGCGGGGTGACGGCGCAAGCTTTGTCAGCCGGATGGAAGTATGGCCAGAATTTTTTTTATGCGGCGGGGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCTTTGTCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCTCTCTCTCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGC 分离物2:CGTGAGCGCGG-AGCCAAGGTCAGGTGCGGTCGCTGCGGGGTGACGGCAAGCTTTGTCACACACCGGATGAAGTATGGCCAGAATTTTTTTTCGGGGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCTTTGTCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCTCACACAGGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGC 我更喜欢在R中这样做，所以如果你能建议一个R包，那将是令人惊讶的，但是所有的建议都欢迎
非常感谢 你能出示一些数据吗？从这个问题来看，解决方案可能是将站点
编码为.factor级别更改为0，1。尝试查看adegenet包，您可能会发现一些有用的东西。adegenet包看起来非常有用，谢谢@din，但最后我使用了SplitsTree。@sruby52，您是否最终得到了一个二进制矩阵，其中行作为隔离（样本），列作为位置（基），如果与引用相似，则为1，如果与引用不相似，则为0？你把所有多态位点连接起来形成一个矩阵了吗？或者你为每个轨迹做了一个矩阵？