如何将搜索路径添加到R？

在中，有一个命令

pymol.dccm（cij，pdb，type=“launch”）

。但是有人告诉我

> pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error in pymol.dccm(cij, pdb, type = "launch") : 
  Launching external program failed
  make sure 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe' is in your search path
In addition: Warning message:
running command 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe -cq' had status 127

我的电脑上已经安装了

pymol

。我可以问一下如何向R添加另一个搜索路径吗

现在我认为

pymol

是

bio3d

中的一个子包。但是我已经安装了

bio3d

，其他命令也可以使用（例如

pdb.libpath（“path/to/pymol2/”）

.libpath（“path/to/pymol2/PyMOL”）

因此

.libpath

没有返回错误。但是

pymol.dccm

和

PyMOLWin.dccm

不起作用

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我还尝试在

R

中安装

pymol

软件包

> install.packages("pymol")
Warning in install.packages :
  package ‘pymol’ is not available (for R version 3.2.2)

可能是你需要的

.libpath获取/设置在其中查找包的库树

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使用包名而不是包目录本身设置目录的父目录的路径。

教程命令本身有错误。dccm的正确语法为

pymol(cij, pdb, type="launch",exefile="C:/Program Files/pymol")

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其中

exefile=file path

指向系统上的“PYMOL”程序（即如何调用“PYMOL”）。如果为空，请使用依赖于操作系统的默认程序路径。

我尝试过，但是否有

R

可以识别的特定

pymol

？请查看更新的问题。您是否尝试过将路径设置为您试图引用的包文件夹的父目录？关键部分是关于如何在R中设置路径。也就是说为什么我只使用link来指代。Jordi，你能告诉我确切的路径是什么，“path/to/pymol2/”还是“path/to/pymol2/PyMOL”？正如@MrFlick所提到的，包和可执行文件之间有区别吗？@lanselibai，如果它像任何R包一样，你应该在某处找到一个描述文件。这是包目录。设置该包目录的父目录的路径。

。libpath

只影响R查找包的位置，而不影响它查找可执行文件的位置您需要设置PATH系统变量。有关如何设置，请参见此问题：我有

PyMOLWin.exe

可执行文件，但是

pymol

包在哪里？

pymol(cij, pdb, type="launch",exefile="C:/Program Files/pymol")