R 使用ggplot2中的两个不同因子定义col和bg的颜色

我试图在3代人中展示13个不同程序的敏感性和选择性的变化。以下是程序1和2的数据，例如：

Sensitivity Selectivity Program Generation
0.317       0.347       1       1
0.282       0.301       2       1
0.496       0.118       1       2
0.339       0.176       2       2
0.525       0.050       1       3
0.397       0.131       2       3

我想要一个散点图，用线连接给定程序的点（每个程序3个点，每一代一个点），每个程序有不同的颜色，点的轮廓颜色与该程序的线相同，但填充由代定义

一些点对非常接近，生成点最终会重叠一点，因此，如果将点轮廓和填充映射在一起，而不是为程序创建一个层并为生成覆盖另一个层，则会更清晰。所以我使用一个可以定义轮廓和填充的形状（pch=21）。我越来越接近于我想要的情节：

dataset=read.csv("10cmpds_mammal_mean_allgens.csv",h=T)

Generation<-factor(dataset$Generation)
Program<-factor(dataset$Program)

ggplot()+
  geom_line(data=dataset,aes(x=Sensitivity,y=Selectivity,color=factor(Program)),size=1)+
  geom_point(data=dataset, aes(x=Sensitivity, y=Selectivity, color=factor(Program)), pch=21, col=factor(Program), bg=factor(Generation),size=6)+
  scale_color_manual(name="", values=c("#D42515","#D49A95","#DD7310","#F0CD1E","#0FB135","#0B78CC","#679EC9","#353535","#505050","#7B7A7C","#B4B4B4","#8348CF","#A787D1"))

如果可能的话，我仍然希望在ggplot2中生成此图，以便该图可以轻松匹配其他图的样式

我想你想要

ggplot(data = dataset,
       aes(x = Sensitivity, y = Selectivity,
           color = factor(Program),
           fill = factor(Generation),
           group = factor(Program)))+
  geom_line(size = 1) +
  geom_point(shape = 21, size = 6) +
  scale_color_manual(name = "",
                     values = c("#D42515", "#D49A95", "#DD7310",
                                "#F0CD1E", "#0FB135", "#0B78CC", 
                                "#679EC9", "#353535", "#505050", 
                                "#7B7A7C", "#B4B4B4", "#8348CF", "#A787D1")) + 
  scale_fill_manual(values = c("bisque", "grey", "black"))

如果在原始的

ggplot（）

调用中指定美学映射（以及数据），则无需在后续层中重复这些映射。我在填充中使用了与在颜色中相同的颜色，这可能是一个糟糕的选择，但您可以将它们更改为正确的数字/值

同样值得指出的是，像“pch”和“bg”这样难以记忆的首字母缩略词在ggplot中是毫无意义的。“pch”替换为

形状

，“bg”替换为

填充

（“col”替换为

颜色

）

我还添加了HitePastimProvesReadability

使用您在问题中提供的数据，可以得出以下曲线图

---

谢谢Gregor，但这似乎无法解决问题。问题是我需要13种不同的线条/轮廓颜色（每个程序一种），但只有3种不同的填充颜色（每一代一种）。因此，在给定的程序行中，将有3个点，每个点都有一个唯一的颜色来表示第1、2或3代。请立即尝试。我还没有看到你在顶部指定只有3代人。您只需使

fill

scale中的值数量等于所需值的数量。我切换到了你编辑的颜色。啊，就是这样。非常感谢。

ggplot(data = dataset,
       aes(x = Sensitivity, y = Selectivity,
           color = factor(Program),
           fill = factor(Generation),
           group = factor(Program)))+
  geom_line(size = 1) +
  geom_point(shape = 21, size = 6) +
  scale_color_manual(name = "",
                     values = c("#D42515", "#D49A95", "#DD7310",
                                "#F0CD1E", "#0FB135", "#0B78CC", 
                                "#679EC9", "#353535", "#505050", 
                                "#7B7A7C", "#B4B4B4", "#8348CF", "#A787D1")) + 
  scale_fill_manual(values = c("bisque", "grey", "black"))