从RStudio内部或通过Rscript调用'system（）'有什么不同？

我试图从运行外部工具，其中一个工具jaspar2meme生成一个文本文件，然后用作第二个工具fimo的输入。这是我的密码：

#!usr/bin/Rscript

com1 <- "meme/bin/jaspar2meme"
arg1 <- "-bundle jaspar_plant_2014.pfm"
message("jaspar2meme command: ", com1, arg1)
system2(command = com1, args = arg1, stdout =  "motif.fimo", wait = T)

com2 <- paste0("meme/bin/fimo")
arg2 <- paste0("--text --oc . --verbosity 1 --thresh 1.0E-4 --bgfile bg.fimo motif.fimo Genes_up_h16.ame")
message("FIMO command: ", com2, arg2)
system2(command = com2, args = arg2, stdout = "fimoresult.txt", wait = T)

当我通过源代码在RStudio中运行此代码时，它工作得非常好：文件motif.fimo由jaspar2meme生成，并由fimo使用以生成结果文件fimoresult.txt

当我从shell bash通过Rscript运行相同的脚本时，motif.fimo也会按预期生成，但fimoo找不到，并且fimoresult.txt仍然为空

到目前为止，我尝试使用system或system2，使用wait=T选项或不使用，指定motif.fimo的完整路径，但没有成功。

我最终得到了它。。。RStudio和Rscript中的区域设置变量不同。jaspar2meme生成的motif.fimo文件在两种情况下看起来都一样，但显然不是。通过以下方式更改对system2的第一次调用：

解决我的问题。

我相信RScript中没有加载方法，所以如果某些代码基于此，您可能需要加载方法？只需调用librarymethods？它不起作用。。。

system2(command = com1, args = arg1, stdout =  "motif.fimo", wait = T, env = c("LC_NUMERIC=C"))