R &引用；方差分析“U检验”；功能误差（0（非NA）例）和双向重复方差分析的线性组合

我正在尝试使用rstatix包中的函数在R中运行双向重复测量方差分析。我大致上遵循了找到的教程。我的数据包括七个蚁群（“蚁群”），每个蚁群分成3个处理（“大小”）。我收集了超过8个时间点（“时间”）的数据（“g”）。我已经在github上上传了一篇文章，但这里有一个简短的摘要：

 # A tibble: 24 x 6
   Species Colony Fragment Size  Time      g
   <fct>   <fct>  <fct>    <fct> <fct> <dbl>
 1 obs     5      5L       L     1     0.565
 2 obs     2      2L       L     2     0.002
 3 obs     8      8L       L     3     0.699
 4 obs     12     12L      L     4     0.257
 5 obs     12     12L      L     5     0.131
 6 obs     3      3L       L     6     0.014
 7 obs     10     10L      L     7     0.15 
 8 obs     12     12L      L     8     0.054
 9 obs     10     10M      M     1     0.448
10 obs     8      8M       M     2     0.135
# ... with 14 more rows

我在两个与我的数据集格式相似的示例数据集上尝试了相同的代码，该函数工作得非常好（每个方法都输出相同的结果）。以下是样本数据集的摘要，以供参考：

# A tibble: 6 x 4
  id    treatment time  score
  <fct> <fct>     <fct> <dbl>
1 7     ctr       t1       92
2 6     ctr       t2       65
3 12    ctr       t3       62
4 6     Diet      t1       76
5 9     Diet      t2       94
6 7     Diet      t3       87



# A tibble: 6 x 4
        len supp   dose    id
      <dbl> <fct> <dbl> <int>
    1  21.5 OJ      0.5     2
    2  14.5 OJ      1       9
    3  22.4 OJ      2       3
    4   4.2 VC      0.5     1
    5  17.3 VC      1       4
    6  29.5 VC      2      10

但是，我不明白为什么。Time8:Size类别基本上与所有其他Time:Size组合相同。如果有人能解释我为什么会遇到这个错误，或者有办法解决我如何对我的数据进行双向重复测量anova（有无anova_测试），我将不胜感激

---

提前谢谢

我需要再次阅读rstatix:：anova_测试的代码，但是您的设计还可以，它是平衡的，导致所有问题的是额外的列。我怀疑在某个地方，由于立柱的原因，旋转出现了问题：

library(rstatix)
library(dplyr)

df=read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mwest9/sample_data/master/test_repeat_anova.csv")

df$Colony = factor(df$Colony)
df$Time = factor(df$Time)

df %>% select(g,Size,Time,Colony) %>%
anova_test(g ~ Size*Time + Error(Colony/(Size*Time)))

ANOVA Table (type III tests)

     Effect DFn DFd     F       p p<.05   ges
1      Size   2  10 4.098 0.05000       0.075
2      Time   7  35 5.428 0.00028     * 0.209
3 Size:Time  14  70 1.595 0.10200       0.099

库（rstatix）
图书馆（dplyr）
df=read.csv（“https://raw.githubusercontent.com/mwest9/sample_data/master/test_repeat_anova.csv")
df$Colony=系数（df$Colony）
df$时间=系数（df$时间）
df%>%选择（g、大小、时间、菌落）%>%
方差分析（g~大小*时间+误差（菌落/（大小*时间）））
方差分析表（III型试验）
效果DFn DFd F p p非常感谢您！我从来没有想到额外的柱子会干扰我。我将研究Mauchly的球形测试。非常感谢你的帮助！不客气：）你不能这么做。我是这么说的，因为有时人们想知道为什么没有报道
# A tibble: 6 x 4
  id    treatment time  score
  <fct> <fct>     <fct> <dbl>
1 7     ctr       t1       92
2 6     ctr       t2       65
3 12    ctr       t3       62
4 6     Diet      t1       76
5 9     Diet      t2       94
6 7     Diet      t3       87



# A tibble: 6 x 4
        len supp   dose    id
      <dbl> <fct> <dbl> <int>
    1  21.5 OJ      0.5     2
    2  14.5 OJ      1       9
    3  22.4 OJ      2       3
    4   4.2 VC      0.5     1
    5  17.3 VC      1       4
    6  29.5 VC      2      10

Call:
lm(formula = g ~ Colony + Time:Size, data = df)

Coefficients:
(Intercept)      Colony1      Colony2      Colony3      Colony4      Colony5  Time1:SizeL  Time2:SizeL  Time3:SizeL  
   0.044167    -0.118549    -0.108424     0.076868     0.073243     0.034368     0.213000     0.351167     0.199833  
Time4:SizeL  Time5:SizeL  Time6:SizeL  Time7:SizeL  Time8:SizeL  Time1:SizeM  Time2:SizeM  Time3:SizeM  Time4:SizeM  
   0.060667     0.071333     0.005000     0.017000    -0.029167     0.239667     0.216333     0.174667     0.050500  
Time5:SizeM  Time6:SizeM  Time7:SizeM  Time8:SizeM  Time1:SizeS  Time2:SizeS  Time3:SizeS  Time4:SizeS  Time5:SizeS  
   0.069500     0.033167     0.011500    -0.003667    -0.015500     0.081167     0.020000     0.042500     0.026333  
Time6:SizeS  Time7:SizeS  Time8:SizeS  
  -0.014333    -0.000500           NA  

library(rstatix)
library(dplyr)

df=read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mwest9/sample_data/master/test_repeat_anova.csv")

df$Colony = factor(df$Colony)
df$Time = factor(df$Time)

df %>% select(g,Size,Time,Colony) %>%
anova_test(g ~ Size*Time + Error(Colony/(Size*Time)))

ANOVA Table (type III tests)

     Effect DFn DFd     F       p p<.05   ges
1      Size   2  10 4.098 0.05000       0.075
2      Time   7  35 5.428 0.00028     * 0.209
3 Size:Time  14  70 1.595 0.10200       0.099